symbols(x, y = NULL, # 添加符号的位置 circles, # 绘制圆形的半径 squares, # 绘制方形的边长 rectangles, # 绘制矩形,需要一个两列的matrix,第一列为宽,第二列为高 stars, # 绘制星形,至少需要3列及以上 thermometers, # 有点像温度计的形状,3或4列的matrix boxplots, # 绘制箱线图,5列的matrix...
matrix() %>% t())) ggtree_plot_col <- ggtree(v_clust) + layout_dendrogram() labels= ggplot(gene_cluster, aes(cluster, y=1, fill=Group)) + geom_tile() + scale_fill_brewer(palette = 'Set1',name="Cell Type") + theme_void() dot_plot %>% insert_left(ggtree_plot, width=.2)...
"Matrix","pROC","Hmisc","rms) library(ggplot2) #绘图用包 library(caret) #分层抽样拆分数据库 library(lattice) #绘图可视化包 library(readxl) #读取Excel包 library(gmodels) #卡方检验包 library(glmnet) #回归分析用包 library(Matrix) #矩阵运算用包 library(pROC) #ROC曲线用包 library(Hmisc) #列...
plot()函数是用的最多的绘图函数之一,可绘制数据的散点图、曲线图,plot()函数有以下四种使用方法。 plot(x, y) 其中x和y向量,生成y关于x的散点图。 plot(x) 其中x是一个时间序列,生成时间序列图形;如果x是向量,产生其关于下标的散点图,如果x是复向量,则绘制实部与虚部的散点图。 plot(f) plot(f, y...
## Error in fix.by(by.y, y): 'by' must specify a uniquely valid column 3.2矩阵 3.2.1 矩阵新建和取子集 代码语言:text AI代码解释 #其实和数据框差不多,但其不支持$,这边简单写几个代码吧 m = matrix(1:9,nrow = 3) m 代码语言:txt AI代码解释 ## [,1] [,2] [,3] ## [1,] 1...
一、利用基础绘图包的高级绘图函数——boxplot()绘制盒型图(或叫箱线图) 生成一个随机数: AI检测代码解析 rnorm(40) # rnorm()函数用于生成一个数值向量,其中的数值符合正态分布(随机生成);默认mean = 0, sd = 1,即平均值为0,标准差为1 1. ...
plot(antp[w]) #基于物种名称拆分 split_pp <- si(all_pp) class(spitpp) ## [1] "splitppp" "ppplist" "solist" "list" as.matrix(lapplysplit_p,npis),ncol=1) #也可以使用:by(all_p,maksall_p,npoints)来拆分 #基于窗口进行拆分
names<-c("a","b","c","d","e") pie(pieces,labels = names,main ="Pie chart") ②3D饼图(仅仅是炫酷而已) install.packages("plotrix")#先导入包library(plotrix)pie3D(pieces,labels = names,explode =0.1,main="3D pie") ③扇形图(Fan plot) ...
这里我们以GSE251912为例,单个样本标准文件读入V4和V5差别不大,大家下载需要的样品文件到本地,记得修改好文件夹名和文件名(barcodes.tsv.gz,features.tsv.gz,matrix.mtx.gz)。 #指定数据所在目录: data_dir<-"GSE251912/Cytokines/" #列出目录下文件名: ...
NMF包基于非负矩阵分解(non-negative matrix factorization,以下简称NMF)方法,提取基因表达矩阵内数据的生物相关系数,通过对基因和样本进行组织,抓住数据的内部结构特征,从而对样本进行分组,目前在疾病分型方面受到广泛应用。我前面已经介绍过了NMF的基本原理【NMF(非负矩阵分解)的算法原理】,这里我介绍R语言实现NMF。