1.rhdf5::H5Fopen函数异常 error: data.h5 <- H5Fopen(name = "exp_matrix.hdf5")Errorin H5Fopen(name = "exp_matrix.hdf5", : HDF5. File accessibility. Unable to open file. 2.hdf5r::H5File$new函数异常 error: hdf5r::H5File$new("exp_matrix.hdf5", mode="r")ErrorinH5File.open(filena...
打开HDF5文件: 在rhdf5包中,你通常不需要显式地“打开”文件来读取数据,但你可以使用h5open()函数来管理文件的打开和关闭。 读取HDF5文件中的数据: 假设你有一个名为data.h5的HDF5文件,并且你想读取名为/dataset1的数据集: R data <- h5read("data.h5", "/dataset1") 对数据进行进一步处理或分析...
问R中的hdf5文件，用于按ID快速随机访问EN假设我想要将一个大维度的矩阵存储为HDF5文件，然后我希望只按...
H5File.open Open an HDF5 file H5GTD_factory Wrap an HDF5-id in the appropriate class H5Group-class Class for representing HDF5 groups H5Group_access Retrieve object from a group of file H5P-class Class for HDF5 property lists. H5P_ATTRIBUTE_CREATE-class ...
open_matrix_10x_hdf5: 从一个 10x Genomics 的 HDF5 文件中读取单细胞转录组数据。这个数据通常包含了单细胞测序的原始计数信息。 write_matrix_dir: 将读取的单细胞转录组数据写入指定的目录。这一步的目的可能是将数据存储在磁盘上,以便后续的分析。
unable to load shared object ‘/home/caoyang/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6/00LOCK-hdf5r/00new/hdf5r/libs/hdf5r.so’: libhdf5_hl.so.100: cannot open shared object file: No such file or directory. 这表明加载包的时候不能识别 hdf5 的动态库,实际包已经安装好了,只是不能加载 hdf5...
import java.io.IOException; import java.io.File; public class ReadFile { public ReadFile()...
open_matrix_10x_hdf5: 从一个 10x Genomics 的 HDF5 文件中读取单细胞转录组数据。这个数据通常包含了单细胞测序的原始计数信息。 write_matrix_dir: 将读取的单细胞转录组数据写入指定的目录。这一步的目的可能是将数据存储在磁盘上,以便后续的分析。
checking for h5pcc... no checking for HDF5 libraries... no 搜了一下，将hdf5/bin下的文件软连接到/usr/local/bin 总算能找到h5cc了，但还是报错：libhdf5_hl.so.100: cannot open shared object file: No such file or directory 查了下好像是LD_LIBRARY_PATH环境变量的问题 在~/.bashrc...
library(ncdf) nc <- nc_open("mynetCDFfile") myarray <- get.var.ncdf(nc, myvar)8 导入HDF5数据 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("rhdf5")9 访问数据库管理系统 ODBC接口 安装RODBC包 library(RODBC) myconn <-odbcConnect("mydsn", uid="Rob", pwd="aardvark")...