为了解决这个问题,一个名为“microeco”的R包被提出,旨在处理微生物群落和环境数据。这个包基于R6类系统开发,结合了微生物群落生态学研究中常用的一系列方法和高级方法。本期我们将详细介绍microeco包中的LEfSe分析。首先,我们使用示例数据建立microtable对象,并进行数据过滤处理。最后,对特定数据集进行LEfSe分析及可视化...
R:microtable包β距离计算及PCoA绘制 阅读:94评论:0推荐:0 摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\microtable") #设置工作目录 library(microeco) library(magrittr) library(tidyverse) library(aplot) l阅读全文 » R:microtable包alpha多样性计算及箱线图绘图 发表于 2024-...
为了解决这个问题,一个名为“microeco”的R包应运而生,它为微生物群落和环境数据的分析提供了一个集成的解决方案。microeco包是基于R6类系统开发的,结合了微生物群落生态学研究中常用的一系列方法和高级方法。它可以帮助我们更高效地进行数据分析,减少不必要的繁琐步骤。本期我们将深入探讨microeco包在数据分析中的...
然后,我们创建一个microtable类的对象。该操作与package phyloseq非常相似,但microeco更简短、更简单。microtable类中的otu_table必须是物种-样本格式:行名必须是OTU名称,colname必须是样本名称。在sample_table的rownames和otu_table的colnames中,所需的样例名称必须相同。 dataset <- microtable$new(sample_table = ...
Detailed onlinetutorial(https://chiliubio.github.io/microeco_tutorial/) is released along with the package. The tutorial can also be downloaded to the computer to open (https://github.com/ChiLiubio/microeco_tutorial/releases). When you are in an R session and want to have a look on those...
在微生物群落生态学中,随着高通量测序技术的发展,数据量的增加和复杂性的增加使群落数据的分析和管理面临挑战。 已经为微生物组分析创建了许多R包,例如phyloseq,microbiomeSeq,ampvis2,mare和microbiome。 但是,仍然难以快速有效地执行数据挖掘。 基于此,我们创建了R包microeco。 主要特点 R6类,用于存储和分析数据; ...
Step2：创建microeco对象 # 创建microtable对象 dataset <- microtable$new(sample_table = sample_table...
然后,我们创建一个microtable类的对象。该操作与package phyloseq非常相似,但microeco更简短、更简单。microtable类中的otu_table必须是物种-样本格式:行名必须是OTU名称,colname必须是样本名称。在sample_table的rownames和otu_table的colnames中,所需的样例名称必须相同。
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应用名称 vimheslo ID WA200003843 支持的Office 365客户端 Microsoft Teams 合作伙伴公司名称 European Code Factory s.r.o. 公司网站 https://ecodef.cz 应用的使用条款 https://ecodef.cz/terms_of_use.html 应用的核心功能 密码管理器。 如果用作个人应用,则用于保存个人密码。 Teams 应用允许与所有...