ssDRIP(single-strand DNA ligation-based library construction ofDNA:RNA hybridimmunoprecipitation and sequencing)是一种基于抗体富集,单链DNA建库的“DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术”利用针对R-Loop结构中的ssDNA链建库测序,能够在全基因组范围内检
R-loop经常出现在基因组的启动子和转录终止位点, 影响R-loop形成的结构因素包括高度的GC偏倚(GC skew,在TSS下游的非模板链上,G比C富集)、G四联体、DNA缺口和DNA/RNA修饰等[4]。除了mRNA新生转录本外,lncRNA和circRNA均可形成R-Loop,在调节基因表达、DNA 复制以及 DNA 和组蛋白修饰方面发挥着重要作用,具有重要...
在ALT细胞中,RAD52主要负责D-loop的形成,介导RAD52依赖的BIR过程,而RAD51AP1则主要负责TERRA介导的端粒处R-loop的形成,从而促进G4的形成,G4则促进R-loop到D-loop的转换,从而促进ALT。 校对:刘铭迪
R-loop环结构是1976年被研究人员发现,由于异常转录导致DNA-RNA双链和非模版链DNA单链组成特殊三链核酸基因组结构。文献研究表明[1][2][3],哺乳动物细胞中R-loop环结构参与调控基因表达过程,包含表观调控,转录…
R-loop(R环)是细胞内普遍存在的动态三链核酸结构,在DNA复制与修复、染色质与转录调控、端粒维持、介导CRISPR以及长非编码核糖核酸(lncRNA)基因组定位中发挥着重要作用[1-4]。R-loop由DNA-RNA杂合双链和被RNA链局部置换的单DNA 链组成,普遍...
R-loop是一种特殊的染色体结构,由一条RNA:DNA杂合链和一条单链DNA所组成。目前越来越多的证据发现这种独特的染色质结构在原核和真核生物中普遍存在,在很多关键的生物学过程中发挥重要功能,包括染色质修饰、转录调控、DNA损伤修复以及基因组稳定性等。 R-loop的异常导致多
近日,来自德国的Institute of Molecular Biology(IMB), Mainz的Christof Niehrs教授团队,在Nature Genetics上发表了题为GADD45A binds R-loops and recruits TET1 to CpG island promoters的文章,首次报道了GADD45A能够识别并结合细胞内的R-Loop结构,作为R-Loop结构的sensor,募集TET1从而介导了CpG 岛的去甲基化,影响...
R-loop达到完成态后会诱导HNH的活化，sgRNA-TS DNA杂合链的扭曲以及REC2/3重构。本研究厘清了Cas9活化的结构基础，也为CRISPR-Cas9基因编辑系统的深度优化提供了新的方向和思路。原文链接 https://doi.org/10.1038/s41586-022-05114-0 参考文献 1. Kocak, D.D., Josephs, E.A., Bhandarkar, V. et al....
The SOSS–INTAC subunit SSB1, through ssDNA recognition and a liquid-like condensate formation ability, localizes SOSS–INTAC at promoters and catalyses transcription termination to prevent aberrant R-loop accumulation to ensure genome stability. INTAC and SOSS form a stable complex The 1.59...
AnR-loopis anucleic acidstructure consisting of two antiparallelDNA strandsplus oneRNAstrand. In this structure, the RNA is base-paired to one of the DNA strands, while the otherDNA strandis unpaired. The name for this structure derives from the term ‘D-loop’ (displacement loop), which re...