2024年10月29日,武汉大学陈亮,樊玉杰共同通讯在Nucleic Acids Research在线发表题为“Global coupling of R-loop dynamics with RNA polymerase II modulates gene expression and early development ofDrosophila”的研究论文,该研究结果表明...
随后,该综述重点介绍了植物中R-loop研究进展,描述了拟南芥、玉米、水稻和杨树等植物中R-loop在全基因组分布特征,并详述了R-loop在植物基因组转录复制、RNA加工、染色质三维结构调控、基因组稳定性维持等过程中的生物学功能(图1)。最后,该...
在与特定基因结合后,Inc-eRNA可以形成称为R环(R-loop)的独特结构,以帮助控制这些基因。 他们研究了一个名为NPAS4的基因,该基因与压力诱导的快感缺失或曾经令人愉悦的活动缺乏乐趣以及药物诱导的复发有关。他们的研究为R环在控制情绪体验引起的行为变化中的作用提供了第一个证据。 R环可以通过在靶基因的调节区域形...
R-loop也在植物半自主细胞器如叶绿体和线粒体中发挥功能。孙前文实验室在半自主细胞器R-loop生物学功能和调控机制亦有一系列研究工作,包括AtRNH1C与RHON1调控转录-复制正面对撞、AtRNH1C与单链DNA结合蛋白WHY1/3和重组酶RecA1在拟南芥叶绿体中协作完成DNA损伤修复、发现了一种叶绿体和线粒体信息交换的新机制以保证...
由R-loop导致的基因组不稳定和复制压力是癌前和癌细胞的标志,是潜在的癌症驱动因子。许多研究表明,R-loop频率、稳定性或基因组位置的改变与癌症状态相关,例如原癌基因激活和抑癌基因失活。癌细胞存在于肿瘤微环境(TME),微环境中还有成纤维细胞、内皮细胞、上皮细胞和髓样细胞等,调控着肿瘤的进展和对治疗的反应。
结果显示,低评分细胞在晚期肿瘤的恶性细胞组成中占主导地位,且KRAS和TP53突变患者的评分均显着较低(图2左)。与此同时,R-loop评分较低的恶性细胞显示出增强的增殖状态,细胞周期相关蛋白显着上调,表明这些细胞中的细胞周期激活(图2右)。这里文章说明了R-loop可能在肿瘤进展中发挥关键作用。
结果显示,低评分细胞在晚期肿瘤的恶性细胞组成中占主导地位,且KRAS和TP53突变患者的评分均显着较低(图2左)。与此同时,R-loop评分较低的恶性细胞显示出增强的增殖状态,细胞周期相关蛋白显着上调,表明这些细胞中的细胞周期激活(图2右)。这里文章说明了R-loop可能在肿瘤进展中发挥关键作用。
R-loop的研究手段 最初人们在体外通过X射线、电子显微镜观察到了R-loop的结构。随着能特异性识别R-loop的S9.6抗体出现,R-loop的研究方法也得到了更好的改进。S9.6抗体不依赖于序列而能和R-loop结合,因此利用该抗体可以对R-loop进行免疫荧光检测、提取基因组后进行dotblot检测,还可以用S9.6做免疫沉淀,再进行qPCR...
研究表明,R-loop结构可调控DNA相关的生物学过程,包括转录终止、基因调控、端粒稳态和 DNA损伤修复等,R-loop失调会造成如DNA损伤、转录延伸缺陷、染色体重组等基因组不稳定因素。其中R-loop结构对于ALT途径及端粒稳态的调控至关重要。因此找到新的端粒R-loop相关蛋白组分,对于认识端粒结构、理解肿瘤的发生发展及开发靶向...
今天研究分享的这篇文章名为“Aberrant R-loop–mediated immune evasion, cellular communication, and metabolic reprogramming affect cancer progression: a single-cell analysis”异常的R 环介导的免疫逃避、细胞通讯和代谢重编程影响癌症进展:单细胞分析。于2021年1月在Molecular Cancer上发表IF为37.3,Q1区。