相比传统的DRIP-seq技术,R-loop CUT&Tag大幅简化了流程，它无需交联、超声、免疫沉淀、加接头建库等复杂步骤，细胞量要求少，peak富集好，背景低，适用于研究者快速高效的获得细胞内R-loop分布位点，丰富基因转录的表观调控机制。那么R-loop CUT&Tag的实验怎么做呢？R-loop CUT&Tag实验指南 R-loop CUT&Tag实验...
在R-loop CUT&Tag实验中,可简单的使用S9.6抗体来识别R-loop,再使用pA/G-Tn5融合蛋白与抗体结合并特异性“切割”R-loop,回收DNA进行链置换后即可扩增完成文库构建,与现有的常规目标蛋白的 CUT&Tag差别不大,对于有CUT&Tag实验基础的研究者可以快速“上手”完成R-loop CUT&Tag建库[9]。 图9.R-loop CUT&Tag实...
而R-loop CUT&Tag实验,建议额外增加一种阴性对照:先加入RNase H或RNase A消化R-loop中的RNA链,此时R-loop的丰度大幅减少或消失,再加入一抗S9.6,则S9.6抗体的结合减少或不能结合,信号相比阳性样本减少或消失,从而发挥了阴性对照的作用,以此说明阳性信号的真实性。部分高GC的DNA-RNA杂交体对RNase H具有抗性,因此...
这些技术帮助科学家更好地理解R-loop的功能及其在生物学和疾病中的作用。 表1 不同的实验技术研究R-LOOP 通过S9.6单克隆抗体与R-loop的结合,可以利用CUT&TAG实验研究在细胞中有哪些R-loop的结合位点。值得注意的是,RNaseA/H可消化R-loop结构维持基因组稳定性,与普通CUT&TAG相比,实验中可设置RNase酶作为阴性对照...
R-loop CUT&Tag实验与常规目标蛋白的CUT&Tag实验步骤基本一样,主要包括细胞与ConA beads结合(细胞无需交联),细胞膜打孔,分别孵育一抗、二抗、pA/G-Tn5,清洗后转座,回收片段化产物后进行扩增。 二者仅在阴性对照、转座后的产物这两点有区别: 区别一:阴性对照 ...
R-loop脱靶检测实验原理 利用CBE作用于单链DNA的特性,通过nSaCas9在编辑靶点外的基因组区段诱导R-loop,从而人为制造单链DNA(ssDNA)区域,可放大CBE系统在特定位点的Cas9非依赖型脱靶频率。若CBE的脱氨活性在这些区域产生脱靶编辑,可通过高通量测序进行...
rloop实验原理 rloop实验原理是指通过运用磁悬浮技术来实现高速列车的悬浮运行,从而达到快速、安全、高效的交通运输目的。该技术主要是基于利用磁力场产生的强磁力来使列车浮于轨道上,同时通过控制磁力场的变化来实现列车的加速、减速、转向等动作。此外,rloop实验还可以结合其他现代技术,如电子控制系统、智能传感器等,以...
作者们发现Npas4 eRNA对于Npas4 mRNA的表达非常关键。作者们分析发现Npas4 eRNA区域富含GC,因此推断该eRNA可能会形成DNA:RNA杂交的R-loops结构。通过DNA:RNA杂交的R-loop免疫共沉淀实验作者们发现R-loops在Npas4 eRNA编码区域富集存在。使用RNaseH1...
【Cell】R-Loop 从生理到病理 摘要 DNA-RNA杂交体在细胞过程中起着生理作用,但通常,它们代表的是非计划的共转录结构,对转录、复制和DNA修复产生负面影响。越来越多的证据表明,它们构成了复制应激、DNA断裂和基因组不稳定性的来源。反过来,DNA断裂通过释放双螺旋构象,促进了DNA-RNA杂交体的形成。细胞通过防止...
目前,主要有两种检测R-loop基因组定位的方法。第一种方法依赖于S9.6抗体,S9.6能够识别DNA:RNA杂合双链,这类方法包括DNA:RNA immunoprecipitation (DRIP),以及基于DRIP的改进的方法:bis-DRIP,S1-DRIP和RDIP【7-10】。这类方法应用比较广泛,但实验操作比较剧烈,会损伤一些相对弱的R-loop,并且研究发现S9.6能够结合双...