即其既能促进也能抑制基因表达，并且在基因表达调控层面展现了多层次、多方面的功能：R-loop可以通过调节DNA甲基化状态、影响染色质结构与开放度等表观遗传学机制，实现对特定基因表达模式的精准调控。
有了特异性的抗体，研究者便想到可以使用CUT&Tag的方法来获得R-loop的分布位点，R-loop CUT&Tag技术由武汉大学梁凯威/房萍萍课题组于2021年2月首次发表在Science Advances杂志上[3]。相比传统的DRIP-seq技术,R-loop CUT&Tag大幅简化了流程，它无需交联、超声、免疫沉淀、加接头建库等复杂步骤，细胞量要求少，peak...
非计划性R-loop是异常基因调控的来源,可导致基因组的不稳定,例如诱导DNA损伤。 调节性和非计划性R-loop的功能 研究表明R-loop与多种疾病之间存在直接联系,可能为相关疾病的治疗提供新的靶点和策略。R-loop相关的疾病包括癌症,例如乳腺癌和卵巢癌;神经系统疾病,如Friedreich共济失调(FRDA)和脆性X综合征(FXS);自身免...
即其既能促进也能抑制基因表达,并且在基因表达调控层面展现了多层次、多方面的功能:R-loop可以通过调节DNA甲基化状态、影响染色质结构与开放度等表观遗传学机制,实现对特定基因表达模式的精准调控。
最后，作者们想知道IRF3信号是否会由病理条件下累积R-loop所触发。为此，作者们使用了神经退行性疾病共济失调眼动失用症AOA2患者中的细胞株，该患者具有SETX突变功能丧失，以及另外一个来自于BRCA1突变的人卵巢癌细胞株。这两个细胞株中RNA-loop会出现显著增加。在自身变异疾病Aicardi Goutières syndrome中，细胞质中...
最后,我们讨论了癌细胞中异常R-loop的原因和后果,以及在癌症治疗中靶向异常R-loop的机会。通过这篇综述,我们旨在提供一个关于R-loop和RNA-DNA杂合片段研究快速发展的最新和综合视角。 1、RNA-DNA杂合片段起源/来源和分布 R-loops和RNA-DNA杂合片段的来源以及它们的功能在不同的细胞、染色体和序列背景中是不同的。
具体来说,当RNA聚合酶在DNA上进行转录时,RNA链会与DNA模板链形成一个双链结构,而DNA非转录区域的单链DNA则会形成一个单链环,这个单链环就是R-loop结构。 R-loop结构的形成与DNA序列的特性有关,一般来说,GC含量高的DNA序列更容易形成R-loop结构。R-loop结构在细胞生理过程中具有多种功能,例如: 1. 调节...
lncRNA形成R-loops功能介绍 • lncRNA形成R-loops调控DNA甲基化 R-loops促进DNA低甲基化的另一种机制是通过吸引DNA去甲基化酶TET (ten-eleven translation DNA demethylases)。例如图5所示,在mESCs细胞中,lncRNA TARID在TCF21基因的富含CpG岛的启动子区生成一个R-loop,同时lncRNA TARID的转录方向与TCF21相反。
用 Arraystar lncRNA 芯片找到参与 R-loop 形成的差异 lncRNA,同时芯片中检测的 mRNA 可用来进一步筛选由于 R-loop 与 DNA 甲基化变化导致表达水平发生变化的蛋白编码基因。筛选到目标基因后可进行相应低通量验证并开展相关的功能实验。 R-loops 调控染色质构象改变...
后来的研究表明RNA-DNA杂合链是在转录、DNA复制和DNA修复过程中产生的至关重要的中间产物。R-loop广泛存在于基因组中,多数集中在转录起始区域和转录终止区域。在调节基因表达、DNA复制以及DNA和组蛋白修饰方面发挥着重要作用,具有多种生物学功能。 云序生物推出高灵敏R-Loop测序服务,DRIPc-Seq &ssDRIP-Seq基于S9.6...