install_github("satijalab/seurat","seurat5") #载入seurat包; library(Seurat) #安装其他范例文件可能用到的R包(SeuratData、SeuratObject、Azimuth、SeuratWrappers、Signac); install_github("satijalab/seurat-data","seurat5") install_github("mojaveazure/seurat-object","seurat5") install_github("stuart-l...
install.packages('Seurat')library('Seurat')packageVersion("Seurat")相关包下载 install.packages(c('dplyr','patchwork')) 1. 2. 3. 4. 5. 6. > library("Seurat") Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’: object ‘markvario’ is not exported by 'namespace:spatstat' In additi...
>library("Seurat")Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’:object ‘markvario’ is not exported by 'namespace:spatstat'In addition:Warning message:package ‘Seurat’ was built under R version 3.6.3 解决方法: install.packages('devtools') devtools remove.packages(grep("spatstat",in...
matrix06_data <- read.csv("G:/scRNA/zebrafish/06hpf.csv", row.names=1) ##运行Seurat library("Seurat") ##建立seurat的文件夹 Seurat08_object <- CreateSeuratObject(counts = matrix08_data, min.cells= 3, min.features = 200) min.cells = 3, #对基因过滤 min.features = 200 #对细胞过滤...
A4 = UpdateSeuratObject(object = A4)创建好Seurat对象后，后期就是质控和单细胞标准流程了，详细内容...
table(seurat_object@meta.data$group) 可保存数据,或继续按需走Seurat后续流程。 2. h5格式 #相关R包载入: library(hdf5r) library(stringr) library(data.table) h5格式可直接使用Read10X_h5函数读入,多样本的批量读入可能稍微麻烦点,可以选择使用lapply函数批量读入目录下所有h5,返回list先merge再创建Seurat对象。
首先,确保安装了Seurat,SeuratObject,CellChat, 以及monocle包。如果未安装,可以通过以下命令安装: if(!requireNamespace("BiocManager", quietly =TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install('monocle') remotes::install_version("SeuratObject","4.1.4", repos = c("https://satijalab.r-unive...
安装:yum install package 卸载:yum remove package Seurat需要很多新的依赖包,否则会安装失败。服务器为CentOS版本。 目前报错的,未完成安装的依赖包有:httr,leiden,plotly,reticulate,SeuratObject. 目前已更新的依赖包包括: openssl:sudo yum install openssl openssl-devel。更新后可以完成安装httr包。
install.packages("Seurat"): 安装Seurat包。 library(Seurat): 加载Seurat库,以便进行数据分析。 Read10X(data.dir): 读取10X Genomics格式的数据。 2. 创建Seurat对象 创建Seurat对象是进行分析的基础。 # 创建Seurat对象seurat_object<-CreateSeuratObject(counts=data,project="SingleCellProject") ...
首先,确保安装了Seurat,SeuratObject,CellChat, 以及monocle包。如果未安装,可以通过以下命令安装: if(!requireNamespace("BiocManager", quietly =TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install('monocle') remotes::install_version("SeuratObject","4.1.4", repos = c("https://satijalab.v", ...