hsa_path$pathID <- substr(rownames(hsa_path),6,nchar(rownames(hsa_path)[1])) # 提取pathway ID # 提取通路中的所有代谢物ID及名称 match.df <- vector() for (i in 1:nrow(hsa_path)) { hsa_info <- keggGet(hsa_path[i,"pathID"]) hsa_compound <- hsa_info[[1]]$COMPOUND path_n...
其他的数据库就先不讲了,以后在学习中具体用到,在具体讲解。 三、返回信息表,获取 hsa04650 通路的信息 使用organism 函数返回信息表;使用 keggGet 函数获取人类基因信号通路 hsa04650 的信息,结果包括通路里面的基因,基因间的联系方式,以及链接等等。其源代码如下: image image image 四、提取出GENE对象,查找所有...
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因,这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因: 1 2 3 library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa_kegg <- clusterProfiler::download_KEGG("hsa") 这里使用的是clusterProfiler包内的download_...
ID要与KEGG compound ID相对应 pathway.id, #是要指定的KEGG通路ID,通常是5个字符 species = "hsa", #物种信息,默认为人类,也可以用"Homo sapiens"或"human",字符型 kegg.dir = ".", #输出的结果所保存的地址,默认为当前路径 cpd.idtype = "kegg", #化合物数据的ID类型,默认为标准的KEGG基因ID,字符...
在KEGG通路map中标注目标基因 #以hsa04151为例: highlight_entities('hsa04151',#pathway ID 'PDPK1',#目标基因 fill_color= 'red')#用于高亮标注的填充色 #同时标注多个目标基因: int<- c('PDPK1','PIK3CA','GSK3B','PIK3R6','THEM4')
pathway.id,#是要指定的KEGG通路ID,通常是5个字符 species="hsa",#物种信息,默认为人类,也可以用"Homo sapiens"或"human",字符型 kegg.dir=".",#输出的结果所保存的地址,默认为当前路径 cpd.idtype="kegg",#化合物数据的ID类型,默认为标准的KEGG基因ID,字符型 ...
R语言kegg 代谢物通路富集 r语言kegg富集分析 使用enrichKEGG做通路富集分析时,一直报错:显示No gene can be mapped... k <- enrichKEGG(gene = gene, organism = "hsa", pvalueCutoff =1, qvalueCutoff =1) 1. 但是之前用同样的基因做分析是能够成功地富集到通路,即便是网上的数据会更新,也不可能变化的...
首先,我们需要下载KEGG数据库中的数据,可以使用KEGGREST库中的pathwayList函数来获取KEGG数据库中所有的通路信息。 library(KEGGREST)kegg_pathways<-pathwayList("hsa")# 获取人类通路信息head(kegg_pathways) 1. 2. 3. 4. 这段代码将获取人类通路的信息,并显示前几行数据。
可以看到人类的简称是hsa。下面再获得人类的所有通路的代码简称: hsa.pathway<- keggLink('pathway','hsa') hsa.pathway<- unique(hsa.pathway) hsa.pahtway就是所有人类pathway的代码简称。 然后使用keggGet函数就可以将每个pathway的信息全部爬去下来,比如第一个pathway是:path:hsa00010' ...
pathway.id = "hsa04110", species = "hsa") 详细解释 pathview函数用于绘制KEGG通路图,将基因数据映射到指定的通路(例如hsa04110)。species参数指定了物种为人类(hsa)。 五、总结与建议 通过上述步骤,可以在R语言中完成KEGG和GO分析,并进行相应的图形绘制。主要步骤包括:1、安装和加载必要的R包,2、准备基因列表...