接下来,我们将使用Mermaid语法来生成状态图和关系图,以帮助理解ggtree包的使用。 1. 状态图 安装所需包加载BiocManager安装ggtree加载ggtree与依赖包 2. 关系图 erDiagram 用户||--o{ 安装包 : 包含 安装包 }|--|| ggtree : 安装 安装包 }|--|| BiocManager : 通过 ggtree ||--o{ 进化树 : 可视化 五...
1. 打开R(或RStudio) 安装完R语言和RStudio后,打开R(或RStudio)。 2. 安装ggtree包 在R(或RStudio)的命令行中输入以下代码,并执行: install.packages("ggtree") 1. 这行代码会从CRAN(Comprehensive R Archive Network)服务器上下载ggtree包的最新版本,并安装到你的计算机上。 3. 加载ggtree包 在安装完成后...
ggtree是一个基于ggplot2的R包,专门用于可视化进化树,支持多种树状图的格式,如Newick、Nexus、PhyloXML等,它不仅能绘制基础的进化树,还能结合数据在树上进行注释和高级自定义,是进化分析中不可或缺的工具之一。 安装ggtree 要安装ggtree,你需要先确保已经安装了R和Bioconductor。ggtree作为Bioconductor的一部分,可以通过以...
#安装相关的包,包括ggtree以及ggplot2#对于R版本在3.6及以上的,需要使用BiocManager包来安装bioconductor上的包if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ggtree")#ggplot2安装install.packages("ggplot2")#载入两个包library(ggplot2)library(ggtree) 2. ...
欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 留言讨论视频相关内容 公众号分享的内容包括1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关的转录组、基因组学文献阅读笔记;3、生物信息学入门相关知识,包括转录组学、群体基因组学等。4、目前也在学
library(ggtree) # 绘制进化树 library(treeio) library(ggnewscale) # 创建新的scale,多个fill或者color 3、设置工作目录 setwd("D:/R/ggtreeExtra") 4、数据来源 # 树状图数据来源路径 trfile <- system.file("extdata", "tree.nwk", package="ggtreeExtra") ...
library(ggtree) # 绘制进化树 library(treeio) library(ggnewscale) # 创建新的scale,多个fill或者color 3、设置工作目录 setwd("D:/R/ggtreeExtra") 4、数据来源 # 树状图数据来源路径 trfile <- system.file("extdata", "tree.nwk", package="ggtreeExtra") ...
为了扩展ggtree在点和布局中的系统发育树的外环上呈现相关数据,开发的ggtreeExtra包提供了一个函数,geom_fruit用于将图形与树对齐,相关图表将在树的外部面板的不同位置对齐。还开发geom_fruit_list在树的同一个外部面板上添加多个层。一些函数基于ggplot2并支持使用图形语法。 绘图示例 1、下载安装ggtreeExtra包 if(!
1)安装 # 安装 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ggtree") 2)ggtree简单介绍 ggtree可用的树的绘制布局有很多主要有下面几种: # 官方链接:https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter4.html#tree-layouts ...
ggtree和ggtreeExtra的安装需要用BiocManager 关于ggtree的安装我之前录制过视频介绍,可以去翻翻我的B站 小明的数据分析笔记本 构造数据集的代码 library(ggtree) library(ggplot2) library(ggtreeExtra) rtree(30) -> tree ?rtree dat01<-data.frame(y=paste0("t",1:30), ...