(A7) 找到每个细胞的 k最近邻 # find the k-nearest neighbors for each single cell #是否距离矩阵,默认否 if (!distance.matrix) { if (verbose) { #默认T if (return.neighbor) { #默认F,走else message("Computing nearest neighbors") } else { message("Computing nearest neighbor graph") } } ...
R中的连续最近邻域 (Continuous Nearest Neighbor, CNN)是一种基于距离度量的数据挖掘算法,用于寻找数据集中每个数据点的最近邻。该算法可以帮助我们在给定一个数据点时,找到与其最相似的其他数据点。 CNN算法的主要优势在于可以处理连续的数据,例如数值型数据或时间序列数据。它通过计算数据点之间的欧氏距离或其他相似度...
摘要:> scRNA <- FindNeighbors(scRNA, dims = pc.num) Computing nearest neighbor graph Computing SNN Error in validObject(.Object) : invalid class “Graph” ob 阅读全文 posted @ 2021-06-23 21:36 emanlee 阅读(1108) 评论(0) 推荐(0) 编辑 object...
非线性降维(UMAP/tSNE) #基于PCA空间中的欧氏距离计算nearest neighbor graph,优化任意两个细胞间的距离权重(输入上一步得到的PC维数); pbmc<- FindNeighbors(pbmc, dims = 1:10) #接着优化模型,resolution参数决定下游聚类分析得到的分群数,对于3K左右的细胞,设为0.4-1.2 能得到较好的结果(官方说明);如果数据量...
对于最近邻搜索(nearest neighbor search)来说,可以查询一个矩形或者一个点。 先把根节点加入优先队列,然后查询优先队列中离查询的矩形或者点最近的项,直到优先队列被清空或者已经得到要求的邻居数。从优先队列顶端取出每个节点时先将其展开,然后把它的子节点插回优先队列。如果取出的是子节点就直接加入搜索结果。
第一,对x和y计算的最佳嵌入维度可能是不一样的,这可能导致后续的分析比较麻烦;第二,所谓“最佳”,也只是在“Nearest Neighbor Forecasting using Simplex Projection”的角度下达到了某种最佳的预测效果,最佳不代表就是绝对正确的;第三,我觉得完全可以使用某个特定的嵌入维度,比如E=2,进行分析,然后可以进一步使用其他...
2. Nearest Neighbor Query 这种查询输入的是一个点,要求输出离这个点最近的 kk 个点,所以又叫 k−NNk−NN 查询。首先需要知道如何定义一个点到一个矩形的最 短距离,记点 qq 到矩形 EE 的最短距离为 mindist(q,E)mindist(q,E)。规定:以 qq 为圆心,与 EE 有交点的最小圆的半径就是 mindist(q...
#ERROR===#单细胞Seurat分析FindNeighbors出错 #Computing nearest neighbor graph#Computing SNN#ErrorinvalidityMethod(as(object, superClass)) :#object'Csparse_validate'not found #原因:Matrix包版本的问题@解决办法:重新安装,换成1.5-3版本加载就可以了 #ERROR===...
摘要: This paper presents an index technique based on R-tree for a spatial database engine(SDBE) .It also presents a way using R-tree index, and describes an efficient branch-and-bound R-tree traversal algorithm based on R-tree to find the nearest neighbor object to a point....
随着最近邻查询的发展,逐渐出现了反最近邻(Reverse Nearest Neighbor,RNN),即给出一个数据集,然后从数据集中找出给定的约束区域中找出查询点的RNN点。 障碍最近邻[1](Obstructed Nearest Neighbor, ONN)是指给定一个点和一个障碍多边形的集合,寻找二个查询点之间的最短路径。ONN查询在地理信息系统和原始的空间数据...