步骤1:提取暴露数据的GWAS > ## 1, 安装TwoSampleMR,如果已安装,可以忽略> > # library(remotes)> # install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")> > ## 2, 载入TwoSampleMR包> library(TwoSampleMR)> > ## 3,从数据库中提取暴露的GWAS summary数据> exposure_dat = extract_instruments("ieu-a-2")> di...
最基本的例子:BMI on CHD的例子,我想看一下BMI作为暴露,CHD作为结局的mr,代码就4条: bmi_exp_dat<- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2') chd_out_dat <- extract_outcome_data(snps = bmi_exp_dat$SNP, outcomes = 'ieu-a-7') dat <- harmonise_data(bmi_exp_dat, chd_out_dat) res ...
运行后我知道我可以选的gwasid是ieu-b-40,这个时候我也可以自动提取出工具变量,这两种方法达到的目的都是一样的: extract_instruments('ieu-b-40') 然后依照工具变量进行结局的summary estimates的提取,提取结局的summary data也需要是需要知道GWASid的对吧,比如我现在关心的结局是收缩压,我就可以写出如下代码: out...
步骤1:提取暴露数据的GWAS > ## 1, 安装TwoSampleMR,如果已安装,可以忽略>> # library(remotes)> # install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")>> ## 2, 载入TwoSampleMR包> library(TwoSampleMR)>> ## 3,从数据库中提取暴露的GWAS summary数据> exposure_dat = extract_instruments("ieu-a-2")> dim(ex...
extract_instruments('ieu-b-40') 然后依照工具变量进行结局的summary estimates的提取,提取结局的summary data也需要是需要知道GWASid的对吧,比如我现在关心的结局是收缩压,我就可以写出如下代码: outcome_gwas<-subset(ao,grepl("Systolic",trait)) 运行后我就可以知道所有的和收缩压相关的gwasid了,我选一个最新...
extract_instruments('ieu-b-40') 然后依照工具变量进行结局的summary estimates的提取,提取结局的summary data也需要是需要知道GWASid的对吧,比如我现在关心的结局是收缩压,我就可以写出如下代码: outcome_gwas <- subset(ao, grepl("Systolic",trait))
extract_instruments(ieu-b-40) 然后依照工具变量进行结局的summary estimates的提取,提取结局的summary data也需要是需要知道GWASid的对吧,比如我现在关心的结局是收缩压,我就可以写出如下代码: outcome_gwas <- subset(ao, grepl("Systolic",trait)) 运行后我就可以知道所有的和收缩压相关的gwasid了,我选一个最新...
extract_instruments('ieu-b-40') 1. 然后依照工具变量进行结局的summary estimates的提取,提取结局的summary data也需要是需要知道GWASid的对吧,比如我现在关心的结局是收缩压,我就可以写出如下代码: outcome_gwas <- subset(ao, grepl("Systolic", trait)) ...
ao<- available_outcomes()exposure_dat<- extract_instruments(c('ukb-a-360'))outcome_dat<- extract_outcome_data(exposure_dat$SNP, c('7'), proxies=1, rsq = 0.8, align_alleles = 1, palindromes=1, maf_threshold = 0.3) 运行上面的代码然后你去查看对象exposure_dat或者outcome_dat就会看到相关基...
pieryon 大专 6 代码发来看看 发过的发大姑夫 初中 3 install.packages("devtools")devtools::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")library(TwoSampleMR)Sys.setenv(OPENGWAS_JWT="我的token")tea<- extract_instruments(outcomes='ukb-b-6066', clump=TRUE, r2=0.001, kb=10000)View(tea)登录...