sparsematrix是用来存储大型稀疏矩阵用得单细胞表达数据基本都用这个格式来存储因为单细胞很大部分都是0用普通文本矩阵存储太占空间 用R的dgCMatrix包来构建稀疏矩阵sparsematrixbydgCMatrix sparse matrix是用来存储大型稀疏矩阵用得,单细胞表达数据基本都用这个格式来存储,因为单细胞很大部分都是0,用普通文本矩阵存储太占...
readsCountSM <- as(as.matrix(readsCount),"dgCMatrix") # str(M1) 想转回去,as.matrix() 就可以了。 经测试, dgCMatrix格式的Rdata仅有CSV文本的十分之一大小,极大的节省了存储空间,建议转化成功后,删除所有CSV文本。 参考: Coercion of matrix tosparsematrix (dgCMatrix) and maintainingdimnames....
R语言 dgCMatrix-class 位于Matrix 包(package)。 说明 dgCMatrix 类是压缩、稀疏、column-oriented 格式的稀疏数值矩阵类。在此实现中,列中的非零元素被排序为递增的行顺序。 dgCMatrix 是Matrix 包中稀疏数值矩阵的“standard” 类。 类中的对象 可以通过 new("dgCMatrix", ...) 形式的调用来创建对象,更典型...
dgTMatrix 即Sparse matrices in triplet form,该格式类比于python中的coo_matrix,是最简单的稀疏矩阵存储方式,采用三元组(row, col, data)(或称为ijv format)的形式来存储矩阵中非零元素的信息。 dgCMatrix 即Compressed, sparse, column-oriented numeric matrices,类比于Python中的csc_matrix,是一种按列压缩的稀疏...
问R矩阵包:稀疏矩阵的dgCMatrix类中属性的含义EN在机器学习中，如果我们的样本数量很大，在大多数情况下...
Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots ..@ i : int [1:3000000] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ... ..@ p : int [1:4] 0 1000000 2000000 3000000 ..@ Dim : int [1:2] 1000000 3 ..@ Dimnames:List of 2 ...
> is(counts, 'sparseMatrix')#判断为非 稀疏矩阵 对象[1] FALSE 通过as( )方法转换稠密矩阵⇒稀疏矩阵 sparse.gbm.T <-as(counts,"dgTMatrix") ### convert to coo_matrix sparse.gbm.C <-as(counts,"dgCMatrix") ### convert to csc_matrix ...
library(Matrix) i<−c(1,5,2,4,2,2,8);j<−c(2,5,3,2,4,2,4);x<−rpois(7,2) M1<−sparseMatrix(i,j,x=x) M1 8 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix" Output [1,] . 3 . . . [2,] . 5 3 3 . [3,] . . . . . ...
dgCMatrix 即Compressed, sparse, column-oriented numeric matrices,类比于 Python 中的csc_matrix,是一种按列压缩的稀疏矩阵格式,由三个一维数组indptr, indices, data组成。dgCMatrxi是R 包 Matrix 中标准的格式,也是最常见的格式,单细胞多组学稀疏数据存储一般采用该格式。 dgRMatrix 即Sparse Compressed, Row-orie...
write_matrix_dir: 将读取的单细胞转录组数据写入指定的目录。这一步的目的可能是将数据存储在磁盘上,以便后续的分析。 open_matrix_dir: 从指定目录中读取单细胞转录组数据。这个步骤是为了确保数据已经被写入磁盘,并且可以方便地进行后续的操作。 Azimuth:::ConvertEnsembleToSymbol: 使用 Azimuth 包中的函数,将基因...