readsCountSM <- as(as.matrix(readsCount),"dgCMatrix") # str(M1) 想转回去,as.matrix() 就可以了。 经测试, dgCMatrix格式的Rdata仅有CSV文本的十分之一大小,极大的节省了存储空间,建议转化成功后,删除所有CSV文本。 参考: Coercion of matrix tosparsematrix (dgCMatrix) and maintainingdimnames....
sparsematrix是用来存储大型稀疏矩阵用得单细胞表达数据基本都用这个格式来存储因为单细胞很大部分都是0用普通文本矩阵存储太占空间 用R的dgCMatrix包来构建稀疏矩阵sparsematrixbydgCMatrix sparse matrix是用来存储大型稀疏矩阵用得,单细胞表达数据基本都用这个格式来存储,因为单细胞很大部分都是0,用普通文本矩阵存储太占...
dgCMatrix 即Compressed, sparse, column-oriented numeric matrices,类比于 Python 中的csc_matrix,是一种按列压缩的稀疏矩阵格式,由三个一维数组indptr, indices, data组成。dgCMatrxi是R 包 Matrix 中标准的格式,也是最常见的格式,单细胞多组学稀疏数据存储一般采用该格式。 dgRMatrix 即Sparse Compressed, Row-orie...
> mat <- as(mat, "sparseMatrix") > str(mat) Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots ..@ i : int [1:3000000] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ... ..@ p : int [1:4] 0 1000000 2000000 3000000 ..@ Dim : int [1:2] 1000000 3 ..@ Dimnames:List of 2 .. ...
dgTMatrix 即Sparse matrices in triplet form,该格式类比于python中的coo_matrix,是最简单的稀疏矩阵存储方式,采用三元组(row, col, data)(或称为ijv format)的形式来存储矩阵中非零元素的信息。 dgCMatrix 即Compressed, sparse, column-oriented numeric matrices,类比于Python中的csc_matrix,是一种按列压缩的稀疏...
write_matrix_dir: 将读取的单细胞转录组数据写入指定的目录。这一步的目的可能是将数据存储在磁盘上,以便后续的分析。 open_matrix_dir: 从指定目录中读取单细胞转录组数据。这个步骤是为了确保数据已经被写入磁盘,并且可以方便地进行后续的操作。 Azimuth:::ConvertEnsembleToSymbol: 使用 Azimuth 包中的函数,将基因...
问R矩阵包:稀疏矩阵的dgCMatrix类中属性的含义EN在机器学习中，如果我们的样本数量很大，在大多数情况下...
SpaCET_obj@input$counts[1:8,1:6]##8x6sparse Matrixofclass"dgCMatrix"## 50x102 59x19 14x94 47x13 73x43 61x97 ##MIR1302-2HG...##FAM138A...##OR4F5...##AL627309.1...1##AL627309.3...##AL627309.2...##AL627309.4...##AL732372.1... Step2. 质控 在创建 SpaCET 对象后...
> is(counts, 'sparseMatrix')#判断为非 稀疏矩阵 对象[1] FALSE 通过as( )方法转换稠密矩阵⇒稀疏矩阵 sparse.gbm.T <-as(counts,"dgTMatrix") ### convert to coo_matrix sparse.gbm.C <-as(counts,"dgCMatrix") ### convert to csc_matrix ...
## [1] "dgCMatrix" ## attr(,"package") ## [1] "Matrix" xgboost对数据格式是有要求的,可以看到train和test都是列表,其中包含了预测变量data和结果变量label,其中label是使用0和1表示的。data部分是稀疏矩阵的形式(dgCMatrix)。 # 查看数据维度,6513行,126列 ...