geom_point(data = metadata, aes(color= NK1))+ theme_bw()+ xlab(NULL)+ ylab(NULL)+ scale_color_continuous(high="red",low="white") 到这里,我们AddModuleScore进行空间转录组和单细胞转录组联合就结束了,让我们再来回顾一下其中比较重要的内容 1.AddModuleScore函数需要的输入数据为Seurat对象以及基因...
函数二 map_anno 有时候,注释结果不是根据无监督聚类得到的,而是需要从其它方法,或者亚群聚类得到信息来注释,简单来说就是需要把从数据框df1中信息转移到数据框df2中,但df1和df2的维度不相等,因此需要进行匹配注释。当然,Seurat自带AddMetaData函数,但由于维度问题,可能会报错。 参数简介如下: ref,参考数据框,含有注...
如果不需要隐式解析来自服务的参数,请使用DisableImplicitFromServicesParameters禁用它。 若要在中心方法中显式指定从 DI 解析的参数,请使用DisableImplicitFromServicesParameters选项,并使用[FromServices]属性或自定义属性,该属性在应从 DI 解析的中心方法参数上实现IFromServiceMetadata。
Depends和Imports的唯一的区别就是Depends attach包;而Imports只load包;一般情况下只需在Imports里面列出需要的包,写函数的时候使用::来获取需要的函数;另外Imports或者Depends里面的包在安装的时候如果没有安装会自动安装,确保我们可以使用:: 在DESCRIPTION中还可以使用URL字段提供额外的网址,使用BugReports提供错误报告额网...
readr包中的主要的函数有: read_csv,read_tsv,read_table,read_delim, write_csv,write_tsv,write_excel_csv,write_delim 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 library(tidyverse)library(readr)library(feather)library(Seurat)metadata<-pbmc_small@meta.data ...
我们将应用预先获取的溢出矩阵(元数据spillover_matrix.csv)。因此,在第3步,其中仅涉及使用CATALYST的compCytof()函数补偿输入数据集。默认情况下,compCytof()将重用存储在int_metadata(sce)$cofactor中的余因子,用于根据补偿计数计算arcsinh转换数据,从而应用与数据准备和标准化期间相同的转换: ...
Earth Engine 服务器对象是具有以ee(例如eeImage、eeReducer)开头的构造函数的对象,并且此类对象上的任何方法都是服务器函数。任何不是以这种方式构造的对象都是客户端对象。客户端对象可能来自 R Earth Engine 客户端(例如 Map)或 R 语言(例如 date、data.frame、...
names(data.to.add) <- ser@cell.names ser <- AddMetaData(ser,metadata=data.to.add,col.name="real_id") ser <- SetAllIdent(ser,id="real_id") #我们将会跳过使用Seurat聚类的步骤,因为我们已知道真正的聚类IDs TSNEPlot(ser,group.by="real_id") ...
'pandas_data/Gene_metadata_primary_wt_whole_cell.tsv', 'pandas_data/ENCFF673KYR.tsv', 'pandas_data/ENCFF060LPA.tsv'] 1. 2. 3. 4. 5. 6. 查看目标文件内容和格式 Ipython中可以通过在Linux命令前加!调用系统命令,更多使用见http://ipython.org/ipython-doc/3/interactive/reference.html#system-...
如果不需要从服务隐式解析参数,请使用DisableImplicitFromServicesParameters禁用它。 若要在中心方法中显式指定从 DI 解析的参数,请使用DisableImplicitFromServicesParameters选项,并使用[FromServices]属性或自定义属性,该属性在应从 DI 解析的中心方法参数上实现 IFromServiceMetadata 。