GTF文件中常常包含很多冗余的信息,如何利用R读取GTF文件呢。 这里需要用到一个包 rtracklayer是专门读取文件的,它可以读非常多的文件类型,比如:BED / bigwig / GFF / GTF 还有其他的一些coverage的信号的文件,一般比较常见的格式文件他都可以读进R来 ##安装包 BiocManager::install("rtracklayer") library(rtra...
requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("rtracklayer") #R语言读取gtf文件 library('rtracklayer') gtf_data=import('gencode.v22.annotation.gtf') #这里使用import导入gtf文件, 生成一个GRangs对象 gtf_data = as.data.frame(gtf_data) #...
1.将 gtf 文件下载好之后上传到RStudio-Server。 或者在自己的电脑上就直接读取就行。 gtf 如图所示我下载的是v43版本的基因组注释文件,现在最新版应该已经是v44了。 2.进行读取 经过搜索教程,发现读取gtf文件有一个专门的R包:rtracklayer 代码如下: library(rtracklayer)gtf<-rtracklayer::import('./gencode...
这样读取gtf文件回比直接使用read.table()好,因为生成的dataframe能够比较清楚地分开,并且有title。 除了import函数,rtracklayer包中...
下载的TCGA数据是没有注释的,需要从ensemble上面下载GTF文件,现在需要把GTF文件读入R 第一种方法rtracklayer::import source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("rtracklayer") biocLite("SummarizedExperiment") gtf1 <- rtracklayer::import('Homo_sapiens.GRCh38.90.chr.gtf') ...