5) BH 和 fdr 在R的p.adjust()函数中是别名关系 它的计算方式也很简单,将n个p值按照从小到大排序,k为p值的顺序值,则p_adj = p * n / k。 其影响是除了最大的p值保持不变外,所有的其他p值都会被增加,变得没那么显著。 如果查询网络资料的话,BH校正的p值,也有人称之为qvalue。 fdr方法比族群误...
R_pearson <- corr.test(gene,metabolite,method = 'pearson') 1. 2. 3. 4. 结果: 结果就是出不来结果,┭┮﹏┭┮。好像是因为数量较大和corr.test()函数还包括了P值矫正的过程,这里需要指明的是虽然我没有写出矫正的方法但是corr.test()函数会有一个默认的矫正过程,所以大家在使用corr.test()的时候一...
R语言做带P值矫正的LEfSe分析(Padj) 3690 已更新1课时 ·共1课时 有效期3年 课程全面讲解LEfSe分析使用R语言分析作图的各种细节 发布者 关注 R语言分析作图 R语言分析作图UP主本人 课程概述 评论(1) 1.最大的特点就是完全新手使用自己的数据也可以跟着视频也能做出结果来。2.课程亮点就是讲的太详细,每个作图...
head(dat,3) dat$p<- pnorm(q=dat$z_score, lower.tail=F) head(dat,3) dat$p_adjust<- p.adjust(dat$p,method="fdr")## 对p值进行FDR矫正head(dat,3) 。 004、查看显著性位点得数目 sum(dat$p_adjust <0.05)## 查看显著性位点的数目 。
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