head(dat,3) dat$p<- pnorm(q=dat$z_score, lower.tail=F)## 是否大于某个值,使用右侧检验head(dat,3) 。 003、对P值进行FDR矫正 dat <- read.table("fst.fst", header =T) head(dat,3) dat$z_score<- (dat$FST - mean(dat$FST))/sd(dat$FST) head(dat,3) dat$p<- pnorm(q=dat...
fdr=p.adjust(Pvalue, "BH") # 在原文件后面加入log2FC,p value和FDR,共3列; out<-cbind(rownames(Tdata[-1,]),log2_FC,Pvalue,fdr) write.table(out,file="ttest.out.xls",quote=FALSE,sep="\t",row.names=FALSE)
这个是我fdrtool矫正deseq2中p 值的代码：mydata=res1 mydata <- mydata[ !is.na(mydata$padj)...
车上写下回答：这个包没用过，fdr矫正公式一般一致，你的数据量太小，用自带数据测试吧，data(pvalues...
说明pval太大了，矫正后全变成不显著了。fdr用于多重假设研究中矫正p值，排除假阳性，相当于把当前pval...
说明pval太大了，矫正后全变成不显著了。fdr用于多重假设研究中矫正p值，排除假阳性，相当于把当前pval放大。车