eQTL指的是染色体上一些能特定调控mRNA和蛋白质表达水平的区域,其mRNA/蛋白质的表达水平量与数量性状成比例关系,通俗点讲就是把基因表达作为一种性状,研究遗传突变与基因表达的相关性。 接下来我们看下在R语言中如何实现这个过程。我们需要准备以下几个R包: install.packages('SNPassoc')#获取SNPs原始数据 install.p
在>=80个样本中TPM> 0.05 的基因保留,最后只保留了4000多个基因,标准化,然后peer计算隐藏因子run_peer.R 最终的输入数据 image.png R语言里的代码 library(MatrixEQTL) SNP_file_name<-"eQTL_maize/chr.onlyInDels.impute.maf.recode.012.matrix" snps = SlicedData$new(); snps$fileDelimiter = "\t"; #...
最终的输入数据 R语言里的代码 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(MatrixEQTL)SNP_file_name<-"eQTL_maize/chr.onlyInDels.impute.maf.recode.012.matrix"snps=SlicedData$new();snps$fileDelimiter="\t";# theTABcharacter snps$fileOmitCharacters="NA";# denote missing values;snps...