一、 安装RODBC库1、进入R语言的GUI界面(RGUI.EXE),在菜单栏选择“程序包/安装程序包2、在弹出的窗口里往下拉,选择RODBC如图,点击确定3、在ODBC数据源管理器里将需要的数据库添加进去,这里笔者使用的是SQL Server2008,驱动程序选择Native Client10.03、在R语言窗口输入连接语句> library(RODBC)**这里是载入RODBC...
adegenet这个包第一使用需要先安装,直接运行如下命令 代码语言:javascript 复制 install.packages("adegenet") 今天的推文使用的数据集是这个包的内置数据集,首先是获取这个数据集的存储路径 代码语言:javascript 复制 dfpath<-system.file("files/usflu.fasta",package="adegenet")dfpath 加载包读入数据 代码语言:javas...
DNA序列分析 r语言 dna序列分析法 基于主成分分析与Fisher判别的DNA序列分类 【摘要】: 特征提取:对于DNA序列,首先将其分为编码DNA特征与非编码DNA特征。对于非编码DNA,统计A,T,C,G各个碱基以及A+T在其中出现的频率,由此构建DNA序列所对应的5维向量空间。对于编码DNA,根据DNA转录与表达的中心法则,氨基酸与密码子...
The function fasta2genlight extracts SNPs from alignments with fasta format. 从比对好的fasta文件中提取snp数据 下面开始实际操作 adegenet这个包第一使用需要先安装,直接运行如下命令 install.packages("adegenet") 今天的推文使用的数据集是这个包的内置数据集,首先是获取这个数据集的存储路径 dfpath<-system.file(...
之前也有人在我的公众号小明的数据分析笔记本留言问过如何用DNA序列做主成分分析,当时我也不知道,但是大体有一个思路 就是先比对,然后把比对的数据转换成通常用的snp数据应该就可以了,但是也仅限于思路,完全不知道如何操作,今天坐车回家,路上无聊,翻了一下电脑上保存的一些资料,发现了一个办法:可以借助R语言的ade...
提到主成分分析,一般我们都是使用Plink,GCTA等软件基于SNP数据来操作,那么如何用DNA序列做主成分分析呢? 思路是先比对,之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据,用到的函数是fasta2genlight(),再进行PCA分析及绘图。 提到主成分分析,一般我们都是使用Plink,GCTA等软件基于SNP数据来操作,那么如何用DNA序列...
使用R语言用DNA序列做主成分分析(PCA)的简单小例子 小明的数据分析笔记本 留言问过如何用DNA序列做主成分分析,当时我也不知道,但是大体有一个思路 就是先比对,然后把比对的数据转换成通常用的snp数据应该就可以了,但是也仅限于思路,完全不知道如何操作,今天坐车回家,路上无聊,翻了一下电脑上保存的一些资料,...
之前也有人留言问过如何用DNA序列做主成分分析,当时我也不知道,但是大体有一个思路 就是先比对,然后把比对的数据转换成通常用的snp数据应该就可以了,但是也仅限于思路,完全不知道如何操作,今天坐车回家,路上无聊,翻了一下电脑上保存的一些资料,发现了一个办法:可以借助R语言的adegenet包,用到的函数是fasta2genlig...
之前也有人留言问过如何用DNA序列做主成分分析,当时我也不知道,但是大体有一个思路 就是先比对,然后把比对的数据转换成通常用的snp数据应该就可以了,但是也仅限于思路,完全不知道如何操作,今天坐车回家,路上无聊,翻了一下电脑上保存的一些资料,发现了一个办法:可以借助R语言的adegenet包,用到的函数是fasta2genlig...