例如,在基因表达数据分析中,研究人员可能会对成千上万的基因进行差异表达分析,此时就需要使用FDR校正来筛选出真正具有显著差异表达的基因。 3. R语言中实现FDR校正的示例代码或函数 在R语言中,常用的进行FDR校正的函数是p.adjust函数,该函数可以对p值进行调整,以控制FDR。其中,method="fdr"参数指定了使用FDR方法...
代码整合 将上述各个步骤整合后的完整代码如下: # 准备数据set.seed(123)p_values<-runif(100,min=0,max=1)# 输出p值数量cat("总共有",length(p_values),"个p值\n")# 对p值进行FDR校正adjusted_p_values<-p.adjust(p_values,method="fdr")# 输出校正结果results<-data.frame(Original_P_Value=p_va...
} #对p value进行FDR校正 fdr=p.adjust(Pvalue, "BH") # 在原文件后面加入log2FC,p value和FDR,共3列; out<-cbind(rownames(Tdata[-1,]),log2_FC,Pvalue,fdr) write.table(out,file="ttest.out.xls",quote=FALSE,sep="\t",row.names=FALSE)...
可以用BioLadder生信云平台在线绘制FDR校正。 网址:https://www.bioladder.cn/web/#/chart/58 4.1 导入数据 在文本框中输入您的P值,每个P值单独占一行。 4.2 调整参数 可以调整计算FDR的方法。 FDR的计算是根据假设检验的P-value进行校正而得到的。一般来说,FDR的计算采用Benjamini-Hochberg方法(简称BH法) 4.3 ...
2.P值都小于1。 R语言的实现代码 p.adjust(p,method=p.adjust.methods,n=length(p))#p.adjust.methods# c("holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni", "BH", "BY",#"fdr","none")#"BH"和"fdr"都是FDR校正 #"bonferroni"是最严格的校正方法...
在R语言中,设置FDR值可以使用p.adjust函数。首先,将需要进行多重检验的p-value存储在一个变量中,然后使用p.adjust函数将其进行校正。可以指定不同的方法来计算FDR,如Benjamini-Hochberg方法,Bonferroni方法等。例如,使用Benjamini-Hochberg方法可以按照以下步骤进行设置: ...
这个是我fdrtool矫正deseq2中p 值的代码：mydata=res1 mydata <- mydata[ !is.na(mydata$padj)...
FDR(False Discovery Rate)校正是一种相对比较温和的校正方法,最常见的做法是对每个p-value做校正,转换为q-value。q=p*n/rank,其中rank是指p-value从小到大排序后的次序,该算法也称为Benjamini-Hochberg(BH)算法。FDR校正在生物信息中应用最多的是通过RNA-seq数据筛选差异表达基因。其具体做法如下: ...