ChIP-Seq是将ChIP(Chromatin Immuno precipitation)与二代测序技术相结合的技术,高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。ChIP也称为结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于修饰组蛋白、转录因子、辅因子以及其他染色质蛋白在染色质上的定位及丰度研究。 我们今天为大家...
1806 -- 19:26 App GEO数据之使用R包“GEOquery”进行微阵列数据分析 878 -- 3:26 App Reactome 分析工具 119 -- 23:36 App 简介计算化学在药物发现中的应用 268 -- 21:35 App 甲基化的功能 719 1 13:14 App Fastq 和Fastqc软件介绍 6088 9 26:48 App 无代码在线进行RNA-seq分析流程 2152...
Bioconductor 是建立在R语言环境上的,用于生物信息数据的注释、处理、分析及可视化工具包的总集,由一系列R扩展包组成。 很多生物数据都是使用Bioconductor包来分析的。例如RNAseq,单细胞,chipseq等,它们都有完整的分析流程。 发布在Bioconductor的...
Bioconductor 是建立在R语言环境上的,用于生物信息数据的注释、处理、分析及可视化工具包的总集,由一系列R扩展包组成。 很多生物数据都是使用Bioconductor包来分析的。例如RNAseq,单细胞,chipseq等,它们都有完整的分析流程。 发布在Bioconductor的包主要是生物信息学相关,在官方可以看到其主要是分成3类: 第一类是软件方...
feature_level是在不同基因组特征标识下进行的ChIP-seq。这涉及到不少的组蛋白修饰的背景知识,通过组蛋白修饰来区分不同的基因组元件,比如H3K4me1可以作为增强子的标志,H3K4me3可作为启动子标志。包括其他的长散在元件,短散在元件等等都有各自的标志。放一张feature level data 的图。 3. loading data 1.确定loadi...
RNA-seq数据分析中，热图可以以可视化方式呈现多个样本和多个基因的全局表达变化，以及多个样本或多个基因...
学习linux常用命令,并且实战ChIP-seq已经一个月了。现在需要用R包ChIPseeker进行注释,发现R已经忘了大半。补课R语言。。对peak的注释分为两个部分——结构注释和功能注释 结构注释:会将peak所落在基因组上的区域结构注释出来,比如说启动子区域,UTR区域,内含子区域等等。同时,也会将与peak最临近的基因注释出来,非常...
Chip-seq ATAC-seq CUT&RUN 单细胞转录组空间转录组 有时间可以仔细看看 今天的推文介绍一下论文中fig1k右侧的小图的R代码 示例数据截图 image.png 读取数据 library(readxl) dat<-read_excel("2024.data/20240607/fig1k.xlsx") dat 双侧威尔克森(Wilcoxon)配对符号秩检验,论文中图注部分的写法是 ...
20170904-ChIP-Seq实验背景与数据分析 孟浩巍 1.4万 109 【第1章 转录组基础知识】1.5 转录组测序数据的质控 PartI 孟浩巍 659 0 【第2章 转录组数据的比对】2.2 BWT算法与后缀树算法 孟浩巍 670 4 20180804-如何使用R语言分析生物芯片数据 孟浩巍 8851 22 2018-01-07 生物信息学教程-GO, KEGG, DO富集...
在NGS科研领域,做ChIP-seq/CLIP-seq等研究蛋白与DNA/RNA结合规律的时候,经常会用到peak calling的算法。这个方法会在全基因组/转录组范围内找DNA结合位点,一般先通过确定测序数据的depth peak,然后用case vs control样本,看depth peak的改变的倍数来确定正真的peak的分布。