前面讲☞使用R获取DNA的反向互补序列的时候也用到过这个函数 代码语言:javascript 复制 #如果没有安装过mgsub这个包,先运行下一行命令进行安装 #BiocManager::install("mgsub")library(mgsub)#先将bed文件中的内容存放在result3中 result3=bed#使用mgsub进行替换,将rownames(mapping),即转录本ID替换成mapping[[1...
前面给大家介绍过 ☞R中的替换函数gsub,还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接…
library(stringi) #先将bed文件中的内容存放在result2中 result2=bed #使用stri_replace_all_regex进行替换 #将rownames(mapping),即转录本ID替换成mapping[[1]],即基因名字 result2$V4 <- stri_replace_all_regex(bed$V4, rownames(mapping), mapping[[1]],vectorize=F) #查看结果 head(result2) 方法三...
方法一、使用最原始的gsub函数 #先将bed文件中的内容存放在result1中result1=bed#将NM开头的转录本号后面的内容提取出来,然后跟相应的基因名字贴到一起#直接替换result的第四列注释信息result1$V4=paste0(symbol,gsub("NM_.*?(_.*$)","\\1",bed$V4))#保存结果到5gene_CDs_symbol.bed文件中write.table...
前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub,还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。 假设我们手上有这个一个转录本ID和基因名字之间的对应关系,第一列是转录...