图9|添加degree的新节点属性表,vertices。 四、 绘制分组网络图 图属性:1) 节点根据分类属性填充颜色和背景色;2) 节点大小按degree设置;3) 链接线根据正负相关性设置颜色;4) 链接线宽度根据abs(r)设置。 绘图前先确定网络图中的节点位置,即计算每个节点的(x,y)坐标,igraph包中有多个图布局计算函数,可根据不...
library(ggraph) library(igraph) net<-graph_from_data_frame(d=edges,vertices = nodes,directed = F) ggraph(net)+ geom_edge_link()+ geom_node_point() 接下来我想给节点分组,不同组节点填充不同的颜色;按照自己的数值给节点大小;每条连线也可以分配粗细和颜色。这些信息都可以在构造数据的时候添加进去。
首先开始添加行注释信息,整理我们的注释分组信息。 rowgroup <- read.table("Gene_group.txt",header = T,row.names = 1)##这是我们相关性热图的行信息,可以自己分配,我这注释2个信息,第一列为基因ID信息,第二列为我们第一组注释,第三列为我们定义的一组注释信息。 rownames(rowgroup) = rownames(metaC...
技术贴R语言:构建一个转录代谢互作调控网络:(二)热图的美化以及大样本分组信息的快速注释rowgroupreadtablegenegrouptxtheadertrownames1这是我们相关性热图的行信息可以自己分配我这注释2个信息第一列为基因id信息第二列为我们第一组注释第三列为我们定义的一组注释信息 技术贴R语言:构建一个转录代谢互作调控网络:(...