本书系统地介绍使用treeio、tidytree、ggtree和ggtreeExtra等R软件包操作系统发育树的全套流程,包括对树文件的解析,以及树与其相关数据的操作、整合、可视化等内容。本书由余光创撰写,旨在为系统发育树的操作与呈现提供指导。如果读者需要进行系统发育树的相关操作,却又觉得无从下手,那么这本书会提供很大的帮助。关于系统...
系统发育树(Phylogenetic Tree,简称“进化树”)是基于生物的遗传序列构建的,常用来描述生物群体之间的谱系关系。我们常用有根树来表示进化历史模型。树由树节点之间的“祖先—后代”关系,以及不同亲缘水平的“姐妹”或“表亲”生物的聚类所描绘,如图1.1所示。在传染病研究中,进化树通常由病原体的基因序列或基因组序列...
《R实战：系统发育树的数据集成操作及可视化（全彩）》是电子工业出版社出版的图书，作者是余光创。《R实战：系统发育树的数据集成操作及可视化》详细地介绍了使用 R语言及相关软件包进行系统发育树分析及可视化的方法。我相信，与书中介绍的各种知名软件包一样，这本书也将成为从事生命科学相关研究的科学家、研究生和...
第1章 导入带有数据的树文件 1.1 系统发育树构建概述 1.2 系统发育树文件格式 1.3 使用treeio导入树及相关数据 1.4 总结 1.5 本章练习题 参考文献 第2章 操作含有关联数据的树 2.1 使用tidy接口操作树数据 2.2 数据整合 2.3 重新设定树的根节点 2.4 重新调整分支标尺 2.5 对包含数据的树取子集 2.6 操作树数据...
一、数据集成在R中,我们通常使用"ape"(Analyses of Phylogenetics and Evolution)和"phangorn"等包来处理系统发育树的数据。这些包允许我们从各种格式的文件中导入数据,如Newick和Nexus等。1. 安装和加载必要的包首先,我们需要安装和加载必要的R包。你可以使用以下的命令来完成这个步骤:```rinstall.packages("ape")...
本书系统地介绍使用treeio、tidytree、ggtree和ggtreeExtra等R软件包操作系统发育树的全套流程,包括对树文件的解析,以及树与其相关数据的操作、整合、可视化等内容。本书由余光创撰写,旨在为系统发育树的操作与呈现提供指导。如果读者需要进行系统发育树的相关操作,却又觉得无从下手,那么这本书会提供很大的帮助。关于系统...
"系统发育树的计算生成和可视化已经成为生命科学研究中不可或缺的分析技术。 作者余光创教授致力于生物信息分析技术研究十余年,发布了近30个具有影响力的分析软件。 《R实战:系统发育树的数据集成操作及可视化》详细地介绍了使用 R 语言及相关软件包进行系统发育树分析及可视化的方法。我相信,与书中介绍的各种知名软件...
系统发育树的计算生成和可视化已经成为生命科学研究中不可或缺的分析技术。 作者余光创教授致力于生物信息分析技术研究十余年,发布了近30个具有影响力的分析软件。 《R实战:系统发育树的数据集成操作及可视化》详细地介绍了使用 R 语言及相关软件包行系统发育树分析及可视化的方法。我相信,与书中介绍的各种知名软件包...
本书系统地介绍使用 treeio、tidytree、ggtree 和 ggtreeE tra 等 R 软件包 作系统发育树的全套流程,包括对树文件的解析,以及树与其相关数据的 作、整合、可视化等内容。本书由余光创撰写,旨在为系统发育树的 作与呈现提供指导。如果读者需要进行系统发育树的相关 作,却又觉得无从下手,那么这本书会提供很大的帮...
《R实战:系统发育树的数据集成操作及可视化(全彩)》(余光创)内容简介: 本书系统地介绍使用 treeio、tidytree、ggtree 和 ggtreeExtra 等 R 软件包操作系统发育树的全套流程,包括对树文件的解析,以及树与其相关数据的操作、整合、可视化等内...