为了解决这个问题,一个名为“microeco”的R包应运而生,它为微生物群落和环境数据的分析提供了一个集成的解决方案。microeco包是基于R6类系统开发的,结合了微生物群落生态学研究中常用的一系列方法和高级方法。它可以帮助我们更高效地进行数据分析,减少不必要的繁琐步骤。本期我们将深入探讨microeco包在数据分析中的...
为了解决这个问题,一个名为“microeco”的R包被提出,旨在处理微生物群落和环境数据。这个包基于R6类系统开发,结合了微生物群落生态学研究中常用的一系列方法和高级方法。本期我们将详细介绍microeco包中的LEfSe分析。首先,我们使用示例数据建立microtable对象,并进行数据过滤处理。最后,对特定数据集进行LEfSe分析及可视化...
R:microtable包β距离计算及PCoA绘制 阅读:94评论:0推荐:0 摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\microtable") #设置工作目录 library(microeco) library(magrittr) library(tidyverse) library(aplot) l阅读全文 » R:microtable包alpha多样性计算及箱线图绘图 发表于 2024-...
在微生物群落生态学中,随着高通量测序技术的发展,数据量的增加和复杂性的增加使群落数据的分析和管理面临挑战。 已经为微生物组分析创建了许多R包,例如phyloseq,microbiomeSeq,ampvis2,mare和microbiome。 但是,仍然难以快速有效地执行数据挖掘。 基于此,我们创建了R包microeco。 主要特点 R6类,用于存储和分析数据; ...
R语言microeco:一个用于微生物群落生态学数据挖掘的R包。 主要功能R6类;分类群丰度图,维恩图,Alpha多样性,Beta多样性,差异丰度分析,环境数据分析,零模型分析,网络分析,功能分析。 install.packages("microeco") library(microeco) library(magrittr) library(ggplot2) ...
betaMNTD和betaMPD的算法经过优化,比picante包中的算法更快。rbray和betaNTI(或betaNRI)的组合可以用来推断在特定假设下支配群落聚集的每个生态过程的强度。这可以通过函数cal_process()来解析每个推断进程的百分比来实现。我们首先检查系统发育信号。 > t1 <- trans_nullmodel$new(dataset, taxa_number = 1000, ...
microeco包可以从CRAN(The Comprehensive R Archive Network)或github(https://github.com/ChiLiubio/microeco)安装。 引言 高通量测序技术在微生物生态学中的应用产生了大量的测序数据。现在,微生物群落生态学中的测序数据分析可以任意分为生物信息学分析和随后的统计分析。生物信息学分析是一个典型的计算密集型工作,...
R语言microeco:一个用于微生物群落生态学数据挖掘的R包。 主要功能R6类;分类群丰度图,维恩图,Alpha多样性,Beta多样性,差异丰度分析,环境数据分析,零模型分析,网络分析,功能分析。 install.packages("microeco") library(microeco) library(magrittr) library(ggplot2) ...