#inst：机构代码；#time：生存天数（以天为单位的生存时间）；#status：生存状态，1为删失，2为死亡；#age：年龄；sex # 性别，1为男性，2为女性；#ph.ecog、ph.karno、pat.karno # 为病人和患者评分；#ph.ecog：ECOG评分（0 =好，5 =死亡）#ph.karno：医师进行的Karnofsky评分（0 = 差，100 = 好）#...
打开RStudio软件，创建一个新的R脚本文件或打开一个已有的脚本文件。在编辑器窗口中，写下或粘贴你想要运行的代码。选择你想要运行的代码行或代码块。如果你没有选择任何特定的行或块，RStudio将默认运行整个脚本文件。按下“Ctrl+Enter”键或者点击工具栏上的“Run”按钮来运行选定的代码。RStudio将执行选定的代码...
1. 前期准备 1.1 R的下载及安装 1.1.1 R下载及安装 1.2 Rstudio下载安装及载入程序包 1.2.1 下载安装工作室 1.2.2 新建代码文件 1.2.3 设置工作路径 1.3 数据准备 1.4 读入数据 1.4.1 方式一:代码读入 1.4.2 方式…
survival包的lung数据集lung数据集：NCCTG晚期肺癌患者的生存率。inst：机构代码；time：生存天数（以天为单位的生存时间）；status：生存状态，1为删失，2为死亡；age：年龄；sex # 性别，1为男性，2为女性；ph.ecog、ph.karno、pat.karno # 为病人和患者评分；ph.ecog：ECOG评分（0 =好，5 =死亡）ph.karno...
#R中使用survfit()函数来拟合生存曲线。#如果要创建一条不考虑任何比较的生存曲线,只需要指定survfit()在公式里期望的截距为~1。这一点与lm()、glm()相似survfit(Surv(time,status)~1)fit <- survfit(Surv(time,status) ~ sex,# 创建生存对象data = mydata)# 数据集来源...
在代码实现中,我们需要进行4步 (1)建立模型1:Y=cX+e1 (2)建立模型2:M=aX+e2 (3)建立模型3:Y=c’X+bM+e3 (4)Bootstrap法检验,并计算出直接效应、间接效应、间接效应占比 R代码: .libPaths()#查看R包位置 .libPaths("D:/Program File/R/R-4.3.2/library")#定义包安装位置 ...
一些R代码学习笔记 稀释曲线及物种外推 稀释曲线可用vegan包的rarecurve直接画,但是很丑: 可用rarefy得到结果后在ggplot里自己画。核心是设定一个步长,这些步长都用rarefy函数进行重抽,再组合到一起即可。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释...
r语言生存分析不分组代码 r语言 生存分析 survminer是专门用来进行生存分析可视化的R包,主要函数如下: 生存曲线 ggsurvplot(): arrange_ggsurvplots(): ggsurvevents(): surv_summary(): surv_cutpoint(): pairwise_survdiff(): Cox模型的诊断 ggcoxzph():...
在R中查看文件前6行。 这7列文件之前已经介绍过,我们画火山图,只需要其中的logFC和adj.P.val就可以了。在绘图之前,我们需要对adj.P.val进行转换,将它的值变成-1 * log10,这样的话可以拉开差异表达基因之间的间距。 接下来就是绘制火山图了~ 代码如下: ...
R语言代码获取方式：“医学论文与统计分析”公主号回复关键词“原文”我们使用R语言自带的casebase包中的“bmtcrr”数据进行分析 查看前30行数据：可以看到，数据中，结局由ftime(时间变量)与Status（状态）组成，而Status中，分别是 0：没有发生任何时间1：疾病复发2：发生其他事件（比如死亡）由于死亡后无法观察到...