mRNA_exprSet<- gtf_df %>% dplyr::filter(type=="gene",gene_biotype=="protein_coding")%>% dplyr::select(c(gene_name,gene_id,gene_biotype))%>% dplyr::inner_join(my_data, by ="gene_id") # onlyselect the protein coding genes. mRNA_exprSet<-mRNA_exprSet[!duplicated(mRNA_exprSet$g...
AI代码助手复制代码 基于提取的ENSEMBL ID,提取对应的所有Gene ID(ENTREZID),(以及Symbol),并查看一下提取的内容。 >list=select(org.Hs.eg.db,keys=k,columns = c("ENTREZID","SYMBOL"), keytype="ENSEMBL")'select()' returned 1:many mapping between keys and columns>dim(list)[1] 29140 3>head(...
基于提取的ENSEMBL ID，提取对应的所有Gene ID(ENTREZID)，(以及Symbol），并查看一下提取的内容。预先准备的ENSEMBL ID，如何找到他们对应的Gene ID(ENTREZID)和Symbol，例如ID 中的，获得的对应关系：ID_list ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler） ID转换用到的是bitr(...
ID转换,ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型(针对clusterProfiler) ID转换用到的是bitr()函数,bitr()的使用方法:>bitr(geneID, fromType, toType, OrgDb, drop = TRUE) geneID:一个含有gene_name的矢量 orgDb:人类的注释包是 org.Hs.eg.db fromType:输入的gene_name的类型 toType:需要转换成的gene_name的...