这些是下载 r 包用的，这些 r 包你们可能会用到，你们不需要都下载下来，等到用到哪个 r 包的时候，你就可以把包填写到“”部分，它就下载完成了。包括你以后在做新的图，用新的 r 语言代码的时候，需要下载某一个 r 包，但是你又下载不了的时候，你就可以把你需要的r包的名称放在“”里面去试 你看刚才我在讲解的过程
pdata1<-pData(gset[[2]])#提取第一个平台的临床数据 pdata2<-pData(gset[[1]])#提取第二个平台的临床数据 那么如何判断你下载的这个GSE是有几个GPL呢?很简单,如果包含了两个或者多个GPL,你可以在RStudio右上角的环境变量中的”gset“后面的括号里看到”2 elements“的字样 含有2个GPL的gset 如果只...
方法一:直接从浏览器中下载,手动 以数据集GSE1001为例, 可以直接点击“Series Matrix Files”获取该样本txt格式的表达谱数据,一般我们认为这种处理过的表达谱数据是没有问题的,当然,具体情况具体分析。 打开下载的文件可以看到许多“#”开头的行,这些是注释信息,一般关注这些注释信息中的“data processing”,这行中可...
save(gse_number,pd,exp,gpl_number,file = "step1output.Rdata") rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata") library(stringr) if(F){ # 第一种方法:有现成的可以用来分组的列 Group = pd$`disease state:ch1` }else if(F){ # 第二种方法:自己生成,适用于分组比较简单的,可以自己数...
1.GEO(Gene Expression Omnibus)是 NCBI(National Center for Biotechnology Information) 维护的一个 公开基因表达数据存储库,主要收录高通量基因表达数据,包括: 微阵列(Microarray) RNA-seq ChIP-seq A…
如果成功返回了aria2c的路径，至此，aria2c下载工具就配置完成了。根据GSE id自动下载处理GEO数据(必须...
那么可以用下面的代码载入已经下载好的数据: Data <- getGEO(filename="F:/geo/GSE2669_series_matrix.txt.gz") myMatrix <-Data@assayData$exprs myPDfile <- pData(phenoData(Data)) 以上获取里面的基因表达数据以及相关的样本数据过程有点漫长,如果觉得难以等待,可以直接用EXCEL打开,将里面的表达和样本数据...
使用R语言分析GEO数据库数据 基因表达数据库(GEO)是一个广泛使用的公共数据库,保存了大量的基因表达数据。对于研究者而言,掌握如何从GEO数据库手动下载数据并进行分析是一项重要的技能。本文将详细介绍如何使用R语言对手动下载的GEO数据进行分析,提供代码示例,帮助读者更好地理解整个流程。 1. 流程图 在开始之前,我们...
9139 70 06:42 App R语言数据处理3 geo数据库原始数据处理,cel文件读取 9373 106 13:57 App R语言数据处理4 基因名字ID转换 1.7万 100 13:53 App R语言数据处理WGCNA分析,一键出图 6542 0 06:42 App R语言数据处理10 GEO数据库临床信息提取和整理 6049 0 06:13 App Dify+DeepSeek Excel可视化助手 3589...
欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA、GEO数据挖掘。 这一节的内容包括应用GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取metadata信息。 解决一个探针对应多个基因的问题 GEO数据下载-GEOquery