由于QTLseqr只支持两个样本的数据输入,当把亲本1(P1),亲本2(P2),子代1(S1),子代2 (S2) 四组样本数据合并成一个VCF的进行分析的时候就会报错。而我们还需要亲本数据进行位点的筛选,因此,我们可以先按照亲本纯合且差异的标准对位点进行过滤得到merge.filter.vcf(过滤脚本会在实用脚本分享里分享),再从中将子代两...
QTLseqr是基于R语言开发的一款用于BSA分析的R包。包含G's value和Delta SNP-index两种方法。 详细信息,可以参考官网的介绍(https://github.com/bmansfeld/QTLseqR/),官网还有英文版说明文档,对算法都有具体的介绍。 安装 install.packages("devtools") #安装devtools library(devtools) install_github("bmansfeld/...
首先 安装,参考官方文档https://github.com/bmansfeld/QTLseqr. 第一步,如果没有安装devtools的话,install.packages("devtools"),有就直接调用,如果这个不会,就不用往下看了。 第二步,devtools::install_github("bmansfeld/QTLseqr") 从github加载QTLseqr。 拿他的论文实例来演练一次。 library("QTLseqr") ...