QTL(Quantitative Trait Locus)共定位是指两个或多个数量性状基因座(QTL)在基因组上的相同或相邻区域被检测到,这些区域可能共享相同的因果变异,从而影响多个性状的表现。共定位分析是遗传学研究中的一种重要方法,有助于揭示不同性状之间的遗传关联和潜在的共享遗传机制。 2. QTL共定位的原理和方法 原理: QTL共定位...
FUN = function(egene) { eQTL %>% filter(gene == egene) }, simplify = FALSE, USE.NAMES = TRUE ) # 提取共定位区域内的所有meSNP meSNP_by_gene = lapply( X = eSNP_by_gene, FUN = function(esnps) { meQTL %>% filter(snp %in% esnps[["snp"]]) } ) ...
##qtl数据联合某个表型的GWAS进行coloc共定位或者是smr孟德尔随机是近期的热点,这里介绍如何用公共数据完成分析。 1.数据获取 1.1eqtl数据 qtl数据获取主要从GTEx数据库,可以得到各种组织的数据。GTEx数据库的速度很慢建议从SMR官网的数据库下载(华人做的)SMR Summary-data-based Mendelian Randomization里面有各种qtl的...
QTL的共定位、孟德尔随机化及可视化的回答如下：一、QTL的共定位 数据准备：QTL数据：主要从GTEx数据库或SMR官网的数据库中获取，使用二进制besd格式，并通过smr软件处理。GWAS数据：从openGWAS网站下载或使用R包TwoSampleMR从网站直接获取。共定位分析流程：从SMR软件中导出eqtl数据，并设置pvalue阈值筛选出...
qtl数据主要从GTEx数据库或SMR官网的数据库中获取，使用二进制besd格式，并通过smr软件处理。GWAS数据可从openGWAS网站下载或使用R包TwoSampleMR从网站直接获取。参考基因组则可使用R包下载或从官网直接下载。SMR软件适用于数据整理与分析，通过命令行输入相关参数，如bld、gwas-summary、beqtl-summary等，来...
最近在学习使用coloc计算共定位,eQTL就是把基因表达作为一种性状,研究遗传突变与基因表达的相关性: 就好像研究遗传突变与身高的相关性一样eQTL、mQTL共定位分析属于Post-GWAS的一项重要工作,旨在GWAS结果的基础上鉴定与表型相关的eQTL和mQTL位点。 传统的GWAS是将全基因组范围内的常见变异进行关联分析,鉴定与表型相关的...
【摘要】为了研究小麦7AL染色体上与穗粒数及千粒重相关的基因位点及其遗传效应,对小麦穗粒数及千粒重主效QTL共定位区QC-7AL进行了精细定位及遗传效应分析。结果表明,QC-7AL主要位于小麦7AL染色体的IWA7406～IWA5913标记区间,长度为3.1cM,对应的物理距离约为5.63 Mb,其中包含了473个SNP标记和81个基因。QC-7AL对穗...
所谓待检验的表型,指的是最后用来计算共定位概率的配对数据。在GWAS分析中,一般只针对一个性状进行关联分析,而在QTL分析中,往往同时对很多表型进行关联,例如在eQTL分析中,每一个基因都代表一个表型,在caQTL中,每一个开放区域都代表一个表型。此时,我们检验的表型就是每一个基因-开放区域配对数据,因此,我们需要首先...