qq(gwasResults$P, main ="Q-Q plot of GWAS p-values", xlim =c(0, 7), ylim =c(0, 12), pch = 18, col ="blue4", cex = 1.5, las = 1) 三、计算膨胀系数(Calculating Genomic Inflation Factor) 如果数据类型为Z值,则膨胀系数为: 1 2 z = gwasResults$zscore lambda =round(median(z...
qq(gwasResults$P, main ="Q-Q plot of GWAS p-values", xlim =c(0, 7), ylim =c(0, 12), pch = 18, col ="blue4", cex = 1.5, las = 1) 三、计算膨胀系数(Calculating Genomic Inflation Factor) 如果数据类型为Z值,则膨胀系数为: 1 2 z = gwasResults$zscore lambda =round(median(z...
qq(gwasResults$P, main ='Q-Q plot of GWAS p-values', xlim =c(0, 7), ylim =c(0, 12), pch = 18, col ='blue4', cex = 1.5, las = 1) 三、计算膨胀系数(Calculating Genomic Inflation Factor) 如果数据类型为Z值,则膨胀系数为: z = gwasResults$zscore lambda =round(median(z^2) ...
qq(gwasResults$P, main = "Q-Q plot of GWAS p-values", xlim = c(0, 7), ylim = c(0, 12), pch = 18, col = "blue4", cex = 1.5, las = 1) #推文还有计算各种形式的膨胀系数,以下为P值的计算方式: p_value=gwasResults$P z = qnorm(p_value/ 2) lambda = round(median(z^2,...
gcta_manhattan(r'F:\gcta\adg-YY-1151id-clean_gwas.fastGWA',47584) image.png QQ图 data=pd.read_csv(open(r'F:\gcta\LL-ADG-460ID_gwas_2.fastGWA'),delim_whitespace=True)ax=qqplot(data["P"],marker=".") image.png ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 ...
lambda =round(median(z^2) / 0.454, 3) 如果数据类型是P值,则膨胀系数为: p_value=gwasResults$P z =qnorm(p_value/ 2) lambda =round(median(z^2, na.rm =TRUE) / 0.454, 3) 如果数据类型是CHISQ值,则膨胀系数为: z = gwasResults$CHISQ ...
lambda =round(median(z^2) / 0.454, 3) 如果数据类型是P值,则膨胀系数为: 1 2 3 4 5 p_value=gwasResults$P z =qnorm(p_value/ 2) lambda =round(median(z^2, na.rm =TRUE) / 0.454, 3) 如果数据类型是CHISQ值,则膨胀系数为: ...
膨胀系数lambda的解读: 基因组膨胀因子λ定义为经验观察到的检验统计分布与预期中位数的中值之比,从而量化了因大量膨胀而造成结果的假阳性率。换句话说,λ定义为得到的卡方检验统计量的中值除以卡方分布的预期中值。预期的P值膨胀系数为1,当实际膨胀系数越偏离1,说明存在群体分层的现象越严重,容易有假阳性结果,需要...
膨胀系数lambda的解读: 基因组膨胀因子λ定义为经验观察到的检验统计分布与预期中位数的中值之比,从而量化了因大量膨胀而造成结果的假阳性率。换句话说,λ定义为得到的卡方检验统计量的中值除以卡方分布的预期中值。预期的P值膨胀系数为1,当实际膨胀系数越偏离1,说明存在群体分层的现象越严重,容易有假阳性结果,需要...