Specifically, we (i) developed an improved primer design tool, qPrimer, building upon the previous qPrimerDB pipeline, to enhance the efficiency and simplicity of genome-scale qPCR primer design; (ii) pre-computed qPCR primer resources from 1 308 genomes of 1172 organisms and ...
qPrimerDB BLAST是用NCBI-BLAST+构建的比对工具,用于在数据库中比对和搜索同源序列,可以同时选择多个数据库进行比对。由于同一个基因在不同的数据库中有不同的基因ID号,因此qPrimerDB提供了一个BLAST功能,用于将qPrimerDB无法识别的基因ID转化成可以识别的基因ID。 下图红色方框是Blast中的一些常用参数。“Database”...
/qprimerdb/ 研究团队: 西南大学农学与生物科技学院李加纳教授团队 147个物种,5100+万引物 该数据库包含人、小鼠、家蚕、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、水稻、玉米和油菜等147个物种的全基因组qPCR引物设计和验证分析,包含80种动物(37种哺乳动物、17种昆虫、10种鱼类、4种鸟类和12种其他动物)、66种植物(39种双子叶...
数据库网址: http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb/ 研究团队:西南大学农学与生物科技学院李加纳教授团队 147个物种,5100+万引物 该数据库包含人、小鼠、家蚕、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、水稻、玉米和油菜等147个物种的全基因组qPCR引物设计和验证分析,包含80种动物(37种哺乳动物、17种昆虫、10种鱼类、4种鸟类...
http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb/ 研究团队: 西南大学农学与生物科技学院李加纳教授团队 147个物种,5100+万引物 该数据库包含人、小鼠、家蚕、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、水稻、玉米和油菜等147个物种的全基因组qPCR引物设计和验证分析,包含80种动物(37种哺乳动物、17种昆虫、10种鱼类、4种鸟类和12种其他...
However, successful qPCR experiments rely heavily on the use of high-quality primers. Various qPCR primer databases have been developed to address this issue, but these databases target only a few important organisms. Here, we developed the qPrimerDB database, founded on an automatic gene-...
在qPrimerDB中,每个物种的最佳引物和所有的qPCR引物被分别压缩成了两个zip文件以供下载。用户可以通过导航栏的“Downloads”菜单进行下载。在下载的文件中除了浏览和搜索工具中展示的结果外,还包括正向和反向引物的ID。 2.5 用户手册 在主页“Documents”菜单下的“Manual”有用户使用手册,使用户能轻松了解数据库的特点...
http://biodb./qprimerdb/ 研究团队:西南大学农学与生物科技学院李加纳教授团队 147个物种,5100+万引物 该数据库包含人、小鼠、家蚕、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、水稻、玉米和油菜等147个物种的全基因组qPCR引物设计和验证分析,包含80种动物(37种哺乳动物、17种昆虫、10种鱼类、4种鸟类和12种其他动物)、66种植...
5、https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome(引物比对网站) 方法:以设计COLD1的qPCR引物为例。 1、寻找COLD1基因号 2、点击登入号Os04g0600800 3、点击Os04t0600800-01并复制 4、打开qPrimerDB database
qPrimerDBReal-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR) is a powerful tool for analyzing and quantifying gene expression, and its primer design is the first and most important step. In order to improve the efficiency and effectiveness of primer design, we designed a database qPrimerDB,...