2024年8月9日，西南大学卢坤、李田、张凯在Nucleic Acids Research 在线发表题为“qPrimerDB 2.0: an updated comprehensive gene-specific qPCR primer database for 1172 organisms”的研究论文，该研究改进了qPrimerDB的功能，以创建一个更全面的引物资源。具体而言，(i)开发了一种改进的引物设计工具qPrimer，基于...
2024年8月9日,西南大学卢坤、李田、张凯在Nucleic Acids Research在线发表题为“qPrimerDB 2.0: an updated comprehensive gene-specific qPCR primer database for 1172 organisms”的研究论文,该研究改进了qPrimerDB的功能,以创建一个更全面的引物资源。 具体而言,(i)开发了一种改进的引物设计工具qPrimer,基于之前...
去年,Nucleic Acids Research在线发表了西南大学农学与生物科技学院等单位题为“qPrimerDB: A thermodynamics-based gene-specific qPCR primer database for 147 organisms”研究论文,该研究构建了qPCR引物数据库qPrimerDB,收录了包括66种重要植物(拟南芥、水稻、玉米、大豆、油菜和马铃薯等)等在内的147个物种共3331426个...
Primer Design Tool的最后一部分参数设置就是针对引物特异性检测的。首先,要确保Specificity check一栏中已经打勾。Search mode一般选择Automatic即可,这样当用户输入的模板在比对的数据库中有很多相似的序列时(比如一段DNA序列在多个转录变体中都有),用户可以选择哪一些是需要检测的PCR模板。Database是指特异性检测所用到...
3️⃣ 在“Primer Pair Specificity Checking Parameters”区域,选择“Database”为“nr”数据库,而不是“Refseq mRNA”数据库,因为在实际实验中,我们通常提取total RNA,这可能包含长链非编码RNA,它们在qPCR中不应被扩增。4️⃣ 在“Organism”框中输入你的基因物种名,或者点击“Add Organism”来增加多个物种...
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome) 。 将选中的引物直接 copy 到相应的位置。 在Database 里选 Refseq mRNA,在 Get Primer 后的第一个小方框上也打个勾,再点 Get Primer,这样结果就会显示在新的标签页。
最近在后台留言“qPCR引物设计”的朋友比较多,所以今天重新推送之前我们发过的一篇推文,希望更多朋友能看到。 去年,Nucleic Acids Research在线发表了西南大学农学与生物科技学院等单位题为“qPrimerDB: A thermodynamics-based gene-specific qPCR primer database for 147 organisms”研究论文,该研究构建了qPCR引物数据库...
去年,Nucleic Acids Research在线发表了西南大学农学与生物科技学院等单位题为“qPrimerDB: A thermodynamics-based gene-specific qPCR primer database for 147 organisms”研究论文,该研究构建了qPCR引物数据库qPrimerDB,收录了包括66种重要植物(拟南芥、水稻、玉米、大豆、油菜和马铃薯等)等在内的147个物种共3331426个...
；“Database”选项，选择Refseq RNA即可；最终参数设定如下，其他参数保留默认设置即可：点击“get primers”选项，等待数据库匹配完后会出现如下界面：然后选择GC百分比在45%-55%之间，Tm在60℃左右的引物，复制序列合成进行验证特异后即可用于qPCR检测。如期生物引物设计合成及验证项目结果示例：
2024年8月9日,西南大学卢坤、李田、张凯在Nucleic Acids Research在线发表题为“qPrimerDB2.0: an updated comprehensive gene-specific qPCR primer database for 1172 organisms”的研究论文,该研究改进了qPrimerDB的功能,以创建一个更全面的引物资源。 具体而言,(i)开发了一种改进的引物设计工具qPrimer,基于之前的...