--p-sampling-depth 2000 --m-metadata-file sample-metadata.tsv --output-dir core-metrics-results 命令注释 --p-sampling-depth:它是指定重采样(即稀疏/稀释)深度。这个脚本将随机地将每个样本的测序量重新采样至该参数提供的值。它将对每个样本中的计数进行无放回抽样,从而使得结果表中的每个样本的总计数为...
根据ASV的最小测序深度设置sampling参数 # all diversity index and distanceqiime diversity core-metrics-phylogenetic\--i-phylogeny result/rooted-tree.qza\--i-table result/final_table.qza\--p-sampling-depth60000\--m-metadata-file sample-metadata.tsv\--output-dir result/sample-depth-60000-core-metr...
根据ASV的最小测序深度设置sampling参数 # all diversity index and distance qiime diversity core-metrics-phylogenetic \ --i-phylogeny result/rooted-tree.qza \ --i-table result/final_table.qza \ --p-sampling-depth 60000 \ --m-metadata-file sample-metadata.tsv \ --output-dir result/sample-dep...
需要提供给这个脚本的一个重要参数是--p-sampling-depth,它是指定重采样(即稀疏/稀疏rarefaction)深度。因为大多数多样指数对不同样本的不同测序深度敏感,所以这个脚本将随机地将每个样本的测序量重新采样至该参数值。例如,提供--p-sampling-depth 500,则此步骤将对每个样本中的计数进行无放回抽样,从而使得结果表中...
--p-sampling-depth1103\ --m-metadata-file sample-metadata.tsv \ --output-dircore-metrics-results#计算了多样性指标之后,我们可以开始在样本元数据的上下文中探索样本的微生物组成。#测试分类元数据列与 alpha 多样性数据之间的关联。我们将在这里对 Faith Phylogenetic Diversity(衡量社区丰富度的指标)和均匀度...
需要为此脚本提供的一个重要参数是–p-sampling-depth,它是均匀的采样(即稀疏度)深度。 因为大多数多样性度量标准对不同样本之间的不同采样深度敏感,所以此脚本将随机地将每个样本的计数子采样到为此参数提供的值。 例如,如果您提供–p-sampling-depth 500,则此步骤将对每个样本中的计数进行二次采样而不进行替换,...
需要根据可视化后的特征表选择适合的--p-sampling-depth即稀疏/稀疏rarefaction的深度,该深度应该尽可能多的去除数据量过低的异常值,同时每个样保留足够的序列(90%左右的序列?),并且尽可能少的排除样本。 6.物种组成分析(OTU聚类分析 ) 利用预训练或者现存的分类器生成从序列到物种注释结果de关,并统计所有样本在门、...
--p-sampling-depth 500\ --m-metadata-file sample-metadata.tsv \ --output-dir core-metrics-results 分析结果包含: α多样性 香农(Shannon’s)多样性指数(群落丰富度的定量度量,即包括丰富度richness和均匀度evenness两个层面) Observed OTUs(群落丰富度的定性度量,只包括丰富度) ...
填写稀疏深度(采样深度sampling depth)100,将输出文件命名为rarefied_table_100,然后单击GO执行!这将启动一个作业,该作业将显示在“活动作业Active Jobs”选项卡中,直到完成为止,之后它将显示在“完成的作业Finished Jobs”选项卡中(如果出现问题,则显示在“失败的作业Failed Jobs”选项卡中)。
希薄時の抽出 read 数をサンプル深度といい、上記コマンドでは--p-sampling-depth で1500 に設定している。read 数がサンプル深度以下のサンプルは解析から外される。サンプル深度を小さくすると希少種が抽出されないことがあるが、サンプル深度を大きくすると解析対象のサンプル数が減ってし...