https://qiime2.org/,依次点击Docs,Installing QIIME 2,Linux(64-bit) 点击Latest Docs,跳转到https://docs.qiime2.org/2019.4/install/native/ 最新版本为qiime2-2020.11-py36-linux-conda.yml 1.1下载文件 wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.11-py36-linux-conda.yml ##下载失败,换用...
官方安装文档:https://docs.qiime2.org/2024.2/install/native/#miniconda 1. 安装QIIME 2 Amplicon 推荐使用conda根据yml文件创建一个新的环境,以安装2024.2版本为例。 # 下载ymlwget https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.2-py38-linux-conda.yml# conda创建环境conda env create -n ...
地址放地这:https://docs.qiime2.org/2018.4/install/native/#install-qiime-2-within-a-conda-environment 莫名的错误 安装完2018.4版后,激活环境时,报了两个错,大概是找不到java,但是还没有使用,不知道有没有影响,可能是系统安装了两个java冲突。错误如下: source activate qiime2-2018.4 /Users/zd200572/mi...
安装qiime2软件包 $ for n in `*.bz2` do conda install --offline $n done Note: 仅仅适用于OSX,如果是linux,需要修改python文件中的prefix 安装q2-studio npm下载electron非常慢 npm install -g cnpm --registry=https://registry.npm. pip install . cnpm install...
conda install wget 部分服务器使用系统 /usr/bin/wget 下载 qiime2-2018.8-py35-linux-conda.yml 可能会出现 OpenSSL 错误,因此在这里推荐使用 conda install wget。 安装QIIME 2 安装Miniconda/Anaconda 后,创建一个 conda 环境并在环境中安装 QIIME 2 Core 2018.8 发行版。 我们强烈建议专门为正在安装的 QIIME...
1. Miniconda软件包管理器安装(需要有Linux服务器,但无需管理员权限) 本人测试采用Miniconda安装QIIME2于Ubuntu 16.04,这也是官方推荐的方法,确实非常简单。 # 安装miniconda软件管理器:用于安装QIIME2及依赖关系 https:///miniconda.html wget https://repo./miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh chmod +x...
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml step2: update the conda version conda update conda -y step3: modify the .condarc and yaml file # reset the conda channels channels: - conda-forge - bioconda ...
可以登陆https://docs.qiime2.org/2023.9/install/查看安装语句。下载：wget https://data.qiime2....
conda install -c bioconda seqtk 结果展示: 4.自己建立样本的名称sample.txt,样本的路径绝对是绝对路径,一定是制表符分割,其余的不可以,\t 5.导入数据 time qiime tools import \ --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \ --input-path sample.txt \ ...
conda install-c bioconda nextflow-y 二、配置和运行 配置主要是参考github上这个流程的参数说明[1],主要是控制16S的扩增引物,电脑的最大CPU核心数和RAM,序列质控trim的长度,先fastqc确定一下。 代码语言:javascript 复制 #配置 cd test #把数据放在工作目录,这里省略 ...