【欧易云平台】QIIME2常规流程使用教程-欧易生物, 视频播放量 2214、弹幕量 0、点赞数 7、投硬币枚数 0、收藏人数 9、转发人数 3, 视频作者 上海欧易生物, 作者简介 科服咨询:021-34781616 邮箱:market@oebiotech.com 硬数据·好服务为生物科研服务赋能,相关视频:【欧
QIIME2目前不包装任何基于引用的对齐方法,但使用这些方法创建的对齐方式可以作为FeatureData[AlignedSequence]工件导入到QIIME2中,前提是对齐方式是标准的FASTA格式。基于引用的对齐工具的一些示例包括PyNAST(using NAST),Infernal和 SINA。SILVA参考比对对于rRNA基因序列数据特别有效,因为二级结构的知识已被纳入管理过程,从而提...
qiime moshpit classify-kraken2 \--i-seqs./moshpit_tutorial/cache:workshop-reads \--i-kraken2-db./moshpit_tutorial/cache:kracken_standard \--p-threads40\--p-confidence0.6\--p-minimum-base-quality20\--o-hits./moshpit_tutorial/cache:workshop_kraken_db_hits \--o-reports./moshpit_tutoria...
【科研】实战qiime2教程(全)共计12条视频,包括:qiime2_01aIntroduction简介、qiime2_01install安装、qiime2_02pipeline插件工作流程概述等,UP主更多精彩视频,请关注UP账号。
中文教程支持:在宏基因组公众号、QIIME 2官方论坛、CSDN和科学网会更新中文教程,而且配有视频讲解,还有QIIME 2专题微信群(添加微信meta-genomics,务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级-QIIME2”方可入群)。 QIIME 2用户文档(版本:2024.2) https://docs./2024.2/ ...
QIIME 2教程. 10元数据Metadata(2024.2) 宏基因组 QIIME 2教程. 01简介和安装 Introduction & Install(2024.2) 宏基因组 qiime2-2023.5更新了-找到了更简单的安装qiime2的方法-直接别人那里打包压缩解压再activate-unpack 淘宝-不会画图请找我 QIIME 2教程. 02插件工作流程Plugin Workflows(2023.5) ...
QIIME 2教程. 08数据导入Importing data(2024.2) 宏基因组 11:12 QIIME 2教程. 02插件工作流程Plugin Workflows(2024.2) 宏基因组 7300 qiime2-2023.5更新了-找到了更简单的安装qiime2的方法-直接别人那里打包压缩解压再activate-unpack 淘宝-不会画图请找我 ...
注意如果你是做真菌分析,没有必要进行这一步,因为在UNITE reference database里面的真菌数据已经是处理过的他不包括引物区域,qiime2是推荐用全长直接进行训练和分析。 常见的V3-V4区测序引物如下,需要根据实际测序情况进行选择 338F (ACTCCTACGGGAGGCAGCA) ...
先熟悉QIIME2的核心概念; 安装QIIME2; 通篇跟着QIIME2教程完成微生物组分析。推荐先学习概述(grand overview)和人体微生物组(Moving Pictures)的教程,接下来再学习粪菌移植(FMT study)和沙漠土壤(Atacama Desert soils)分析教程。 最后可以尝试不同的工作界面,QIIME 2运行多种用户界面,之前你使用的是q2cli的命令行...
教程广泛使用q2cli,因此建议在开始教程之前先阅读本文档。本文档尚在开发中,将来会扩展。 基本用法 Basic usage q2cli包含一个qiime命令,该命令用于从命令行执行QIIME分析。运行qiime查看可用子命令的列表: qiime 显示如下内容: Usage: qiime [OPTIONS] COMMAND [ARGS]... QIIME 2 command-line interface (q2cli)...