qiime taxa filter-seqs --i-sequences ref-seqs.qza --i-taxonomy 99_otu_taxonomy.qza --p-include Bacteria --o-filtered-sequences ref-seqs-Bacteria.qza 仅保留细菌的注释信息命令: qiime rescript filter-taxa --i-taxonomy 99_otu_taxonomy.qza --m-ids-to-keep-file ref-seqs-Bacteria.qza ...
filter-features: 从表中过滤特征 filter-features-conditionally:根据丰度和流行度从表中筛选要素 filter-samples: 从表格中过滤样本 filter-seqs: 从序列中过滤特征 group: 按元数据列对样本或特征进行分组 merge: 合并多个表 merge-seqs: 合并特征序列的集合 merge-taxa: 合并特征分类的集合 presence-absence: 转换...
qiime taxa filter-seqs 提供的该功能与 qiime taxa filter-table 中提供的功能非常相似,因此可以参考QIIME 2对 qiime taxa filter-table 的描述,以了解有关基于分类筛选的更多信息。 简单地说,filter-seqs可以保留包含门级注释的所有特征,但在其分类注释中排除包含线粒体或叶绿体的所有特征对应的序列。 qiime taxa...
--o-filtered-table result/table_filter_low_freq.qza step2:remove contamination and mitochondria, chloroplast sequence. 16s扩增子常见污染序列是来自于线粒体和叶绿体等16s序列,另外也存在一些未注释的序列,均需要去除。 qiime taxa filter-table \ --i-table result/table_filter_low_freq.qza \ --i-taxo...
基于分类的表过滤也可以使用qiime feature-table filter-features和--p-where参数来实现。如果想要高级筛选或查询,可通过qiime taxa filter-table支持的复杂查询,则应使用qiime feature-table filter-features。 过滤序列 Filtering sequences q2-taxa插件提供了一种方法filter-seqs,用于根据功能的分类注释过滤代表序列Featur...
--o-filtered-table result/table_filter_low_freq.qza step2:remove contamination and mitochondria, chloroplast sequence. 16s扩增子常见污染序列是来自于线粒体和叶绿体等16s序列,另外也存在一些未注释的序列,均需要去除。 qiime taxa filter-table \
qiime rescriptfilter-taxa --i-taxonomy99_otu_taxonomy.qza --m-ids-to-keep-fileref-seqs-Bacteria.qza --o-filtered-taxonomyref-seqs-Bacteria-tax.qza 训练分类器命令: qiime feature-classifierfit-classifier-naive-bayes --i-reference-reads ref-seqs-Bacteria.qza ...
单一序列（Singleton）是指在所有测序结果中只包含一条序列的OTU，针对OTU table操作同样使用filter_otus_from_otu_table.py命令进行去除：3、去除非细菌序列和叶绿体序列：根据进化分类的信息，仅保留细菌序列，同时去除叶绿体序列，使用filter_taxa_from_otu_table.py命令操作：其中-p选项为仅保留，-n选项...
--o-filtered-table result/table_filter_low_freq.qza step2: remove contamination and mitochondria, chloroplast sequence. 16s扩增子常见污染序列是来自于线粒体和叶绿体等16s序列,另外也存在一些未注释的序列,均需要去除。 qiime taxa filter-table \ --i-table result/table_filter_low_freq.qza \ --i...
filter-seqs Filter features from sequences group Group samples or features by a metadata column heatmap Generate a heatmap representation of a feature table merge Combine multiple tables merge-seqs Combine collections of feature sequences merge-taxa Combine collections of feature taxonomies ...