>>>importos,pysam>>>os.listdir()['example.bam','example.bam.bai']>>># pileup操作需要能够对BAM文件进行随机读取,因此需要对BAM文件建立index>>># 这里可以看见,规范命名的index文件已经在BAM文件的同一目录下>>># 创建pysam.AlignmentFile实例>>>sam_file=pysam.AlignmentFile("example.bam","rb")>>>r...
Pysam 是一个 python 模块,可以轻松读取和操作存储在 SAM/BAM 文件中的映射短读取序列数据。它是htslib C-API 的轻量级包装器。 本文大致介绍一些常规用法,想补充的可以自行查看文档 官方文档地址 https://pysam.readthedocs.io/en/latest/api.html# bam/sam文件操作 AlignmentFile类 AlignmentFile(filepath_or_object...
>>> bam = pysam.AlignmentFile('input.bam') >>> for i in bam: ... print(i.qname) ... print(i.flag) 1. 2. 3. 4. 同时,还可以通过fetch和pileup两种方式来访问,fetch访问区域的alignment,用法如下 >>> for i in bam.fetch('chr1', 10000, 20000): ... print(i.qname) ... print...
pileup命令意为“堆叠”，它能够在给定基因组区间内的每个碱基位置（column）上，将映射到该位置上的所有reads堆叠起来，以展示输入BAM文件在指定基因组区间内的每个碱基位置的总体信息。要开始使用samtools mpileup，首先需要设置基因组区间。可以通过-r/--region参数来指定。例如：请注意，samtools mpileup默...
Without an index, random access viafetch()andpileup()is disabled. 如果需要遍历一个文件的话,那么直接 import pysam samfile = pysam.AlignmentFile("Treat.20M.merged.sam") lineCount = 0 for read in samfile: print(read) lineCount = lineCount + 1 ...
pysam>=0.15 numpy>=1.16 scipy>=1.1 matplotlib>=2.2 h5py>=2.9 xlsxwriter>=1.3 pathlib>=1.0 Optional: pyBigWig - for JBrowse export functionality ROOT - for CNVnator root import/export functionality seaborn - for additional plotting styles Install by cloning from GitHub > git clone https://gith...
import pysam import pysamstats import matplotlib.pyplot as plt mybam = pysam.AlignmentFile('/path/to/your/bamfile.bam') a = pysamstats.load_coverage(mybam, chrom='Pf3D7_01_v3', start=10000, end=20000) plt.plot(a.pos, a.reads_all) plt.show() For pileup-based statistics functions, ...
在下文中一共展示了Samfile.pileup方法的3个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。 示例1: callbase ▲点赞 7▼ # 需要导入模块: from pysam import Samfile [as 别名]# 或者: from pysam.Samfile importpileup[...
import pysam samfile = pysam.AlignmentFile("ex1.bam", "rb" ) for pileupcolumn in samfile.pileup("chr1", 100, 120,truncate=True): print ("\ncoverage at base %s = %s" % (pileupcolumn.pos, pileupcolumn.n)) for pileupread in pileupcolumn.pileups: ...
bamfile = pysam.Samfile("%s.bam"% bam_path_prefix,"wb", header=samfile.header) bamfile.close() samfile.close() pysam.index("%s.bam"% bam_path_prefix) 开发者ID:fengwangjiang,项目名称:READemption,代码行数:7,代码来源:sambamconverter.py ...