python ovito模块计算MSD的基本原理:添加管道修饰命令CalculateDisplacementsModifier,计算出每一帧原子的位移,把原子位移带入计算公式,得到该帧对应的MSD值。 最后,把每一帧的MSD输出到文本文件。 程序使用方法:复制一下代码,保存为msd.py文件,和dump.xyz保存到一个文件夹中,使用命令行进入该文件夹,输入命令: pythonm...
✅Python辅助构建模型(原子级别梯度金属)。 性质计算: ✅金属、聚合物、及其复合材料的拉伸、压缩模拟; ✅纳米压痕、冲击计算;热传导计算; ✅聚合物的交联反应; ✅超算批量提交LAMMPS计算任务。 结果分析: ✅径向分布函数(RDF)、概率分布函数(PDF)、 ✅扩散系数、均方位移(MSD); ✅位错分析、表面张力...