conda install openbabel -c conda-forge 在命令行中测试Openbabel已经安装成功 在Spyder中测试Openbabel已经安装成功 3.编写Python脚本实现xyz和sdf格式之间的转化 虽然可以在命令行中直接使用Openbabel,比如在命令行中将xyz转化为sdf: obabel tmp.xyz -ixyz -osdf -O tmp.sdf 命令非常简明易懂,但是笔者写的绝大...
OpenBabel 分割多分子sdf文件 Python调用OpenBabel的API实例,来自openbabel手册,网址点击打开链接手册 import pybel for mol in pybel.readfile("sdf", "NatProduct.sdf"): mol.write("sdf", "%s.sdf" % mol.title) 分割效果 含有133个分子的sdf'格式文件,分割为了133个单个分子的sdf文件。发布...
inputfile = os.path.join(file_PATH,tqdm[i])#对应文件夹下的某份文件 conv=openbabel.OBConversion()#调用转换函数 conv.OpenInAndOutFiles(inputfile,inputfile+'_'+'.xyz')#输入待转换的文件名及定义转换成功后的文件名 conv.SetInAndOutFormats(input_format,output_format) conv.Convert() conv.CloseOut...
主要是需要指定一下刚才安装的 openbabel 3.1.1 的位置,install 时,如果不需要指定安装位置,会自动安装在 python 默认的 libs 里 系统配置 上述软件都安装完成后需要加载环境变量后才能正常使用 export PYTHONPATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/lib:$PYTHONPATH export PATH=/path/to/openbabel-3.1.1/instal...
第一步:下载openbabel 2.4.1安装包 下载地址:https://github.com/openbabel/openbabel/releases点击打开链接 第二步:安装boost库 第三步:安装gcc、g++、make、cmkae 第四步:安装依赖的开发库 第五步:支持Python(Python2.7)绑定,安装python开发库 第六步:编译安装 ...
OpenBabel由CC++编写,并提供C++,Perl,Python等的API接口便利开发。 二、OpenBabel2.4.1的编译安装并绑定Python 第一步:下载openbabel2.4.1安装包 下载地址:https://github/openbabel/openbabel/releases 其次步:安装boost库 suroot猎取root权限 aptinstalllibboost-dev安装boost库 第三步:安装gcc、g++、make、cmkae ...
因为没有找到OpenBabel的二进制包,所以只能通过源码编译安装,源码编译安装需要经过 一下步骤 1、预备工作 下载源码包,openbabel-2.3.1版本 下载地址: http://sourceforge.net/projects/openbabel/files/openbabel/2.3.1/openbabel-2.3.1.tar.gz/download ...
Open Babel是一款开源自由软件，能够进行化学结构文件格式的相互转换，通过C++编写并提供C++、Perl、Python等多种API接口，方便开发使用。为了在CentOS 7下编译安装Open Babel 2.4.1并绑定Python，首先需下载Open Babel 2.4.1的安装包，通过下载地址进行下载。其次，安装boost库，这是Open Babel运行所需的...
而且 Python 是一门解释型语言，这意味着你无需知道如何把 Python 代码编译为机器语言 —— Python 会...
Python中的Open Babel 是什么呢？Python中的Open Babel 是什么呢？一个化学工具箱，用来描述多种化学...