1.前言以往笔者习惯自己写脚本读取坐标进行简单的分子格式转化,比如xyz文件和高斯输入文件gjf之间的转化,然而xyz和sdf文件之间的转化纯靠自己的代码好像还挺麻烦的,所以这次打算借助Openbabel来进行分子格式转…
例如,将文件POSCAR0转换为xyz格式的test3.xyz文件 import openbabel#使用openbabel模块 conv=openbabel.OBConversion()#使用openbabel模块中的OBConversion函数,用于文件格式转换的 conv.OpenInAndOutFiles("POSCAR0","test3.xyz")#输入需要转换的文件的名字,以及定义转换后文件的文件名 conv.SetInAndOutFormats("posca...
pipinstallopenbabel 1. Open Babel 的基本使用 一旦安装完成,你就可以使用 Open Babel 来进行化学数据的转换了。下面是一个简单的代码示例,将 SMILES 格式的分子转换为 SDF 格式。 fromopenbabelimportpybel# SMILES 字符串smiles="C1=CC=CC=C1"# 这代表苯# 创建分子对象mol=pybel.readstring("smiles",smiles)#...
Open Babel是一款开源自由软件，能够进行化学结构文件格式的相互转换，通过C++编写并提供C++、Perl、Python等多种API接口，方便开发使用。为了在CentOS 7下编译安装Open Babel 2.4.1并绑定Python，首先需下载Open Babel 2.4.1的安装包，通过下载地址进行下载。其次，安装boost库，这是Open Babel运行所需的...
Open Babel,巴贝尔,开放的化学工具箱。cclib,化学软件包的计算函数库。Biopython,免费的生物计算工具包。bccb,生物分析相关的代码集。bcbio-nextgen,提供完全自动化、高通量、测序分析的工具包。visvis, 可视化计算模块库,可进行一维到四维数据的可视化。MapReduce是Google提出的一个软件[架构],用于大规模数据集(大...
PyInstaller:将 Python 程序转换成独立的执行文件(跨平台)。 cx_Freeze:将python程序转换为带有一个动态链接库的可执行文件。 dh-virtualenv:构建并将 virtualenv虚拟环境作为一个 Debian 包来发布。 Nuitka:将脚本、模块、包编译成可执行文件或扩展模块。
PyInstaller–将Python程序转换成独立的执行文件(跨平台)。 dh-virtualenv–构建并将virtualenv虚拟环境作为一个Debian包来发布。 Nuitka–将脚本、模块、包编译成可执行文件或扩展模块。 py2app–将Python脚本变为独立软件包(Mac OS X)。 py2exe–将Python脚本变为独立软件包(Windows)。
openBabel是一款开源自由软件,用法OpenBabel可以将一种文件类型化学结构转换成另一 种文件结构。当在工作中需要用到同一个结构不同类型的文件时十分好用。 二、OpenBabel的安装 因为没有找到OpenBabel的二进制包,所以只能通过源码编译安装,源码编译安装需要经过 ...
untangle,把XML文档,转换为Python对象,方便访问。 文件处理 库名称简介Mimetypes,Python标准库,映射文件名到MIME类型。 imghdr,Python标准库,确定图像类型。 python-magic,libmagic文件类型识别库,Python接口格式。 path.py,os.path模块的二次封装。 watchdog,一组API和shell实用程序,用于监视文件系统事件。