1、 下载Lammps的Windows版本,下载网址: https://rpm.lammps.org/windows/ 我这里下载了LAMMPS-64bit-Python-latest-MSMPI.exe,安装后有python的第三方软件包,方便配置Lammps与Python的相互调用。 2、 下载Microsoft MPI,下载网址:https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=105289 3、 安装Lammps...
依然是看流程图,此时lammps模块中多了一个PyLammps类,该类直接访问lammps实例中的低级类,也就真正实现了使用python运行lammps,而不是单纯的更改input文件再提交给lammps求解器,并且此方法由于直接访问lammps的类,相当于跳过了input这一步,传递参数也不再完全通过字符串来进行。 1.3 Lammps中调用python功能 LAMMPS 可以调...
第一步是向python中导入lammps包,这一步很好理解,python中的拓展内容都是通过库和包来实现的,起码要先让python知道自己要做什么。 但在安装lammps包的过程中可能有点不一样,正如之前我在windows下python接口安装教程一样,我使用了pip install lammps来一键安装lammps包,并且还使用了一种很简单粗暴的方法来解决一些报...
LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一个高效的计算分子动力学(MD)模拟的软件包,而Python是一种广泛使用的编程语言。尽管它们在科学计算中可以相辅相成,但它们的功能、使用目的和操作方式存在显著差异。 LAMMPS概述 LAMMPS是一个专门用于分子动力学模拟的软件,能够模拟原子、分子及其相互...
LAMMPS的Python接口(pylammps或lammps包)使用户能够在Python环境中控制LAMMPS的各种功能。使用Python来调用LAMMPS指令,用户可以方便地进行参数设置、数据分析和结果可视化等。 最常用的安装方式是通过pip安装LAMMPS的Python绑定: pipinstalllammps 1. 安装完成后,用户可以通过以下方式导入LAMMPS模块: ...
LAMMPS Python module (lammps.py) must be installed 简单来说就是想要在lammps中调用python,必须在lammps中安装python包,具体的安装流程可以查看说明文档,一步一步跟着执行下来就可以了。安装完成之后就可以联合使用lammps和python了。 从上面的模式图中可以看出,可以在lammps中的输入文件中调用python,也可以在python的...
分子动力学软件中,LAMMPS (“Large-scale Atomic/ Molecular Massively Parallel Simulator”,大尺度原子/分子并行模拟工具)是名副其实的全能巨无霸。 可以对气态、固态、液态进行分子动力学模拟,研究体系包括但不仅限于合金、矿物、半导体、溶液、高分子、DNA、细胞膜、蛋白质,可调用多种势函数/力场,支持各种系综、粗...
首先，介绍Python串行运行LAMMPS。这与直接在终端运行`lmp -in in.lj`命令的输出完全一致。接下来，讨论Python并行运行LAMMPS。在导入`mpi4py`模块后，代码会自动初始化MPI环境，允许在Python脚本中直接使用MPI功能。确保在脚本末尾调用`MPI.Finalize()`来确保MPI环境正常关闭。通过在终端使用`mpirun`命令...
1.1 准备LAMMPS输入文件 LAMMPS输入文件需要包含体系的初始配置、力场参数、模拟参数等信息。 def generate_lammps_input(structure, force_field, filename): with open(filename, 'w') as f: # 写入结构信息 for atom in structure: f.write(f"atom {atom['id']} {atom['type']} {atom['x']} {atom...