trials:预期将网络分割的数目,默认值为10,并没有对其进行详细说明 b) 返回值:VertexClustering对象以及一个额外的属性codelength,其中存储着有算法确定的code length c) 应用的网络类型:该算法是从对节点进行编码的角度考虑的,忽视了连边属性,所以可用于有向和无向网络,参考文献[3][4]是提出的infomap算法以及它的...
图1是用Graph类中生成随机图的函数GRG生成了具有100个节点的随机网络,0.2为生成边的概率。其中前三种社区发现函数返回的是VertexDendrogram对象,将其直接作为object的参数画出来的是树图,如果想得到更直接的结果,可通过VertexDendrogram.as_clustering()将其转换为VertexClustering对象来作为object的参数。 从上面的图中可以...
二、群聚系数 这个在NetworkX里实现起来很简单,只需要调用方法nx.average_clustering(G) 就可以完成平均群聚系数的计算,而调用nx.clustering(G) 则可以计算各个节点的群聚系数。 三、直径和平均距离 nx.diameter(G)返回图G的直径(最长最短路径的长度),而nx.average_shortest_path_length(G)则返回图G所有节点间平...
001nx.average_clustering(UG) # 网络群聚系数0.227nx.degree_assortativity_coefficient(UG) # 匹配性-0.668 传播属性 扩散深度 转发者距离原微博发出者的距离可以看做是该条信息转发被中介化的程度。我们已经知道,离心度衡量的是一个节点到其它所有节点距离中的最大值。如果我们测量源微博发出者(@人民日报)的...
fromigraphimport* karate = Nexus.get("karate") cl = karate.community_fastgreedy() k=2cl.as_clustering(k).membership However, I like to do this using networkx. I know get optimal number of communities in terms of the modularity measure: ...
Python作为一种通用编程语言,拥有许多强大的图论和网络分析库,如NetworkX、igraph等。本文将使用NetworkX库,通过简明扼要、清晰易懂的方式,介绍图论的基本概念以及如何进行网络分析。 安装NetworkX 首先,确保你的Python环境中已经安装了NetworkX库。你可以通过pip来安装: pip install networkx 创建图 在NetworkX中,图可以...
|igraph|includes functionality to visualize graphs. There are two main components: graph layouts and graph plotting. In the following examples, we will assume|igraph|is imported as ig and a:class:`Graph`object has been previously created, e.g.: ...
The C core of igraph was updated to version 0.10.2, fixing a range of bugs originating from the C core. Fixed Fixed a crash in Graph.decompose() that was accidentally introduced in 0.10.0 during the transition to igraph_graph_list_t in the C core. Clustering.sizes() now works correctly...
https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/tutorials/basics/clustering.html#manual-cell-type-annotation 1.数据和包准备 数据来自著名的pbmc3k数据: https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz 加载模块: ...
https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/tutorials/basics/clustering.html#manual-cell-type-annotation importpandasaspdimportscanpyasscimportnumpyasnp sc.settings.verbosity=3# verbosity: errors (0), warnings (1), info (2), hints (3)sc.logging.print_header()sc.settings.set_figure_params(dpi=80,...