search(index="test",size='200') # 按条件查询数目 query_str={'query':{'match':{'cgdsId': cgds_code}}} total_num_data= es.count(index=index, body=query_str)['count'] #更新 es.update(index='file',id=file_id,body=info_body,doc_type="search") #设置、获取数据结构类型 mapping =...
//www.cbioportal.org/cgds_r.jsp 这里就介绍如何使用R语言的cgdsr包来获取任意TCGA数据吧。...查看任意数据集的数据形式 ## 而后获取可以下载哪几种数据,一般是mutation,CNV和表达量数据all_dataset <- getGeneticProfiles(mycgds, stad2014...综合性获取 只需要根据癌症列表选择自己感兴趣的研究数据集即可,然后...
The portal is developed and maintained by theComputational Biology CenteratMemorial Sloan-Kettering Cancer Center. 目前来能够从TCGA数据库中提取数据的处理工具有cBioPortal(http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp),ICGC(http://dcc.icgc.org/download/current)和GenePattern(http://www.broadinstit...