1、Cellchat报错问题 Cellchat在做网络图的时候会有如下的报错：mat <- cellchat@net$weight par(mfrow = c(5,3), xpd=TRUE, mar=c(1,1,1,1)) for (i in 1:nrow(mat)) { mat2 <- matrix(0, nrow = nrow(mat), ncol = ncol(mat), dimnames =
在这个笔记本中,我们展示了如何使用decoupleR对一个bulk RNA测序数据集进行通路活性推断,该数据集中胰腺癌细胞系中的转录因子FOXA2被敲除。 数据包括3个野生型(WT)样本和3个敲除型(KO)样本,GEO编号为:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE119931,是一个表观调控的项目,其中转录组数据部分样...
在卵巢癌MERSCOPE数据(71,381细胞)中,SOAPy的创新模型区分了接触型(如COL1A1-ITGA1/ITGB1)和分泌型(如VEGFB-FLT1)互作。与CellChat相比,SOAPy将上皮细胞C3的假阳性互作降低83%,并通过强度阈值(Strength>4)过滤了虽空间显著但表达量低的噪音信号。 这项研究的意义在于: 1)方法学上,首次将张量分解引入空间组学...
devtools::install_github( sqjin/CellChat ) 可是: 安装起来就没有那么顺利了😐 问题1:直接运行这句代码时提示绑定的NMF安装不了 于是:我又去官网上看了一下条件(见图2)。安装前提是需要有≥0.23.0的NMF包以及≥0.4.12的circlize包。 装好了,查看了包的版本0.24.0和0.4.15,符合条件!
在Python中,| 符号在不同的上下文中有不同的含义。以下是两种常见的用法: 1. 位运算符(按位或) 在位运算中,| 表示按位或(bitwise OR)操作。它对两个数的二进制表示进行按位或运算。 例如: 代码语言:javascript 复制 a = 5 # 二进制表示为 0101 b = 3 # 二进制表示为 0011 result = a | b # ...
常用软件:cellphoneDB,cellchat,NicheNet 图形展示:气泡图,网络图,热图 转录因子分析 分析目的:从TF和靶基因的表达量推测细胞中可能存在的 基因调控网络 常用软件:SCENIC 图形展示:热图,网络图 总结 第一次课,讲师简单介绍了一下单细胞转录组的整个实验流程,不过对于我而言,只有生信分析这部分内容是比较重要的。之后还...
隔离的第八天,孤独的情绪渐渐消散了,音乐,朋友,亲情,还有游戏,果然让心情会变好很多,有位圣贤说过,其实人过的快不快乐,并不是说我们拥有了房子,车子,还有和喜欢的姑娘在一起,而是良好的人际关系,好了,这一篇我来详细分享一下harmony的各种用法,包括harmony与Seurat 的联合使用,harmony与NMF的联合使用,以及python版...
AnnData对象(Python中)和Seurat对象(R中)分别是两个非常流行的单细胞RNA测序数据分析框架中的核心数据结构。 有很多工具可以完成python对象adata和R中seurat对象的转换,但是很多情况下,我们使用别人提供的r包来转换都会失败,就算是seurat自带的转换r包有时候也会报错。