Pymol学习笔记(一):软件安装 Pymol是一款用python编写的蛋白质高级结构分析软件。这个软件功能十分强大,可以对于pdb格式的蛋白质文件进行一些基本处理。可以模拟一些蛋白质和其他小分子的互作状态,可以测试蛋白质点突变之后对于整个结构的影响,还可以绘制一些需要的“概念图”用于组会汇报或者论文撰写。总之是一个十分有力的
安装Python,并确保Python版本与你要安装的PyMOL版本兼容。 安装pip,pip是Python的包管理器,用于安装和管理外部库。 选择合适的whl文件: 根据你的Python版本和操作系统,从可靠的来源下载对应的PyMOL预编译whl文件。 安装步骤 下载whl文件: 访问可靠的源,如gitee.com/dirty-little-star/whl_chinese_mirror或其他可信...
Pymol是一款用于创作高品质分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构图像的软件。其名字的来源是“Py”,表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molecule)的缩写,表示该软件用来显示分子结…
官网下载:https://www.python.org/ Stable Releases(稳定) 打开安装文件安装 勾上PATH后如图操作安装 选择安装地址后安装即可 输入:python验证是否成功安装 后安装pmw:python -m pip install pmw 等待安装完毕 Pymol的安装 从下面网址中选择安装包下载 https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol 在(在...
pip install pymol-2.5.0-cp38-cp38-win_amd64.whl 1. 3. 验证安装 测试安装:打开Python交互式解释器或创建一个新的Python脚本来测试是否安装成功: import pymol print(pymol.__version__) 1. 2. 这应该会输出你安装的PyMOL版本号。 启动PyMOL:你也可以直接在命令行中启动PyMOL: ...
勾选【Install Python 3.14 for all users】 修改路径(我本人习惯是D盘) 点击【Install】 安装结束点击【Close】 点击桌面任务栏中的【开始图标】找到python软件后,双击没问题即安装成功 第二步:Autodock、Vina、MGLTools、Pymol安装 Autodock下载网址:https://autodock.scripps.edu/ ...
下载pyMol的whl文件,这里选择pymol-2.5.0-cp39-cp39-win_amd64.whl,需要python3.9的环境。如果用的是python其他版本,可以自行选择可以适配的文件。 在安装pyMol之前,需要安装numpy,mkl,pwm依赖,然后把下载的pymol复制到工作路径,即可无痛安装。 pip install numpy mkl pwm ...
△ 下载Pymol 要安装Pymol，首先需要从开源网站下载相关的安装文件。请确保已正确选择所需版本，以便后续安装。建议将下载的文件保存在D盘或其他易于查找的位置。△ 安装Pymol 在CMD命令提示符中，依次输入以下命令进行安装。首先，切换到Python所在的文件夹地址，例如D盘。接着，输入以下命令并按回车键：```D:>pip...
Python与Pymol成功下载安装的步骤记录如下：一、Python的安装 版本选择：选择Python 3.11.5版本，适用于64位Windows系统。下载与保存：访问python.org官网，找到Stable Releases部分的Python 3.11.5版本，点击下载。将下载的安装包保存至D:Moleculardockingpython文件夹。安装过程：双击安装包，选择“Add ...
Pymol的使用其实可以分为两种,一种是GUI图形操作界面,直接可以去Pymol官网上下,另一种则是使用API的方式直接调用,适合写脚本批量处理一些东西。建议画图,看结构直接用GUI,但是计算RMSD啥的,用API处理会非常顺滑。 今天主要介绍一下怎么使用anconda上下载安装pymol并且通过API命令行进行使用。 因为pymol的python支...