Bulk RNA-seq 分析的一个重要任务是分析差异表达基因,我们可以用omicverse包 来完成这个任务。在omicverse中,除了最简单的ttest外,在这里,我们介绍一种类似R语言中的Deseq2等包的模型来计算差异表达基因。 原教程地址:https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-bulk/t_deseq2/
condition_file="data/matedata.csv"condition_df=pd.read_csv(condition_file,index_col=0)condition_df.head() 构建DeseqDataSet 对象,并进行差异分析: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 构建DeseqDataSet 对象 dds=DeseqDataSet(counts=counts_df,clinical=condition_df,design_factors="ty...
进行细胞周期评分 sc.tl.score_genes_cell_cycle函数实际上是包装了sc.tl.score_gene_list函数,执行两次操作,分别对S阶段和G2M阶段进行评分。sc.tl.score_gene_lis和 sc.tl.score_cell_cycle_genes函数是Seurat的一个端口,执行相似...
目录 cellranger_gtf=$HOME/pipeline/refdata-gex-GRCh38-2020-A/genes/genes.gtf # 这个是cellranger官网提供的 ls -lh $rmsk_gtf $cellranger_outDir $cellranger_gtf nohup velocyto run10x -m $rmsk_gtf $cellranger_outDir $cellranger_gtf & # 如果是其它单细胞数据,可以换参数,比如run_smartseq2...
51CTO博客已为您找到关于python做rna seq分析的相关内容,包含IT学习相关文档代码介绍、相关教程视频课程,以及python做rna seq分析问答内容。更多python做rna seq分析相关解答可以来51CTO博客参与分享和学习,帮助广大IT技术人实现成长和进步。
Bulk RNA-seq 分析的一个重要任务是分析差异表达基因,我们可以用 omicverse包来完成这个任务。对于差异表达分析而言,首先,我们可> 以先将 gene_id 改为 gene_name。其次,当我们的数据集存在批量效应时,我们可以使用 DEseq2的 SizeFactor 对其进行归一化,从统计学上,使用 wilcoxon的秩和检验或者 t-test来计算> ...
Bulk RNA-seq 分析的一个重要任务是分析差异表达基因,我们可以用 omicverse包 来完成这个任务。在omicverse中,除了最简单的ttest外,在这里,我们介绍一种类似R语言中的Deseq2等包的模型来计算差异表达基因。原教程地址:https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-bulk/t_deseq2/...
gtf # 这个是cellranger官网提供的 ls -lh $rmsk_gtf $cellranger_outDir $cellranger_gtf nohup velocyto run10x -m $rmsk_gtf $cellranger_outDir $cellranger_gtf & # 如果是其它单细胞数据,可以换参数,比如run_smartseq2 理论上,这个一句话命令,就可以完成了python的velocyto软件并且拿到loom文件,但是...
cellranger命令的outputs目录cellranger_gtf=$HOME/pipeline/refdata-gex-GRCh38-2020-A/genes/genes.gtf# 这个是cellranger官网提供的ls -lh$rmsk_gtf$cellranger_outDir$cellranger_gtfnohup velocyto run10x -m$rmsk_gtf$cellranger_outDir$cellranger_gtf 如果是其它单细胞数据,可以换参数,比如run_smartseq2...
Bulk RNA-seq 分析的一个重要任务是分析差异表达基因,我们可以用omicverse包 来完成这个任务。在omicverse中,除了最简单的ttest外,在这里,我们介绍一种类似R语言中的Deseq2等包的模型来计算差异表达基因。 环境的下载 在这里我们只需要安装omicverse环境即可,有两个方法: ...