1 Python串行运行LAMMPS from lammps import lammps lmp = lammps() lmp.file("in.lj") 运行输出与在终端运行 lmp -in in.lj 的输出是一样的。 2 Python并行运行LAMMPS from mpi4py import MPI from lammps import lammps lmp = lammps() lmp.file("in.lj") me = MPI.COMM_WORLD.Get_rank() nproc...
一、问题分析最近有群友求助,想要对LAMMPS的轨迹文件进行 平移,需求如下:模型是水滴润湿,但是水滴并不在基板中央,虽然不影响计算结果,但是不好看,因此希望对图1所示模型作平移,把水滴挪到基板中央。 其实…
进入文件夹C:\Users\Ji\AppData\Local\Programs\Python\Python311\Lib\site-packages,可以找到lammps文件夹。 再进入lammps的根目录中的bin文件夹:C:\Program Files\Lammps\LAMMPS 64-bit 2Aug2023-MSMPI with Python\bin,选中所有文件,复制至site-packages\lammps文件夹中。在cmd中进入python,导入lammps模块:from ...
打开ls-prepost,选择菜单栏file > open > LS-DYNA Binary Plot > d3plot,加载结果文件。 可以测量穿孔大小 画Kinetic energy 曲线
lammps 调用python程序 Python在Windows命令行(Command Prompt)运行Python脚本或交互式地执行Python代码详解 Python在Windows命令行(Command Prompt)运行Python脚本或交互式地执行Python代码详解 一、安装Python 二、运行Python脚本 1. 打开命令行 2. 导航到目标目录...
分子动力学软件中,LAMMPS (“Large-scale Atomic/ Molecular Massively Parallel Simulator”,大尺度原子/分子并行模拟工具)是名副其实的全能巨无霸。 可以对气态、固态、液态进行分子动力学模拟,研究体系包括但不仅限于合金、矿物、半导体、溶液、高分子、DNA、细胞膜、蛋白质,可调用多种势函数/力场,支持各种系综、粗...
1.先去lammps里面的src文件夹 我的话是: cd Desktop cd lammps-14May16 cd src 当你在src文件夹里,你就可以使用make command了。 make foo mode=shlib 这里的foo就是你的机器类型了,我这里就是ubuntu 所以我输入的是: make ubuntu mode=shlib
首先，介绍Python串行运行LAMMPS。这与直接在终端运行`lmp -in in.lj`命令的输出完全一致。接下来，讨论Python并行运行LAMMPS。在导入`mpi4py`模块后，代码会自动初始化MPI环境，允许在Python脚本中直接使用MPI功能。确保在脚本末尾调用`MPI.Finalize()`来确保MPI环境正常关闭。通过在终端使用`mpirun`命令...
LAMMPS Python module (lammps.py) must be installed 简单来说就是想要在lammps中调用python,必须在lammps中安装python包,具体的安装流程可以查看说明文档,一步一步跟着执行下来就可以了。安装完成之后就可以联合使用lammps和python了。 从上面的模式图中可以看出,可以在lammps中的输入文件中调用python,也可以在python的...
利用分子动力学模拟，声子态密度（Phonon Density of States，PDOS）可通过分析原子速度轨迹文件和速度自相关函数（VACF）的傅里叶变换来计算。在Python编程中，樊哲勇的GPUMD提供了高效计算PDOS的工具，但受限于力场适用性，LAMMPS有时仍是首选。本文将分享一个Python代码，实现LAMMPS原子速度轨迹文件处理以...