pyscenic安装过程--未完结 ###conda install pyscenic conda create -n pyscenic python=3.7 conda activate pyscenic condainstall-y numpy condainstall-y conda-forge::cytoolz#-y表示自动确认,-c选择channel condainstall-y conda-forge::scanpy pipinstallpyscenic...
安装pySCENIC可以按照以下步骤进行,确保Python环境已安装并配置好: 创建新的Conda环境(可选,但推荐以避免库冲突): bash conda create -n pyscenic python=3.7 conda activate pyscenic 这里我们创建了一个名为pyscenic的Conda环境,并指定Python版本为3.7。请根据你的系统环境选择合适的Python版本。 安装依赖包: bash...
1.安装和使用 1.1安装 1.1.1安装稳定的版本 软件包最新稳定版本可以通过以下方式安装: pip install pyscenic 请注意,如果想在一个新的 conda 环境中运行,pySCENIC 需要先安装一些额外的包。例如:pip install conda create-y-n pyscenic python=3.7conda activate pyscenic conda install-y numpy conda install-y-c...
mat<-as.matrix(sc@assays$RNA@counts)#mat <- mat[rowSums(mat)>10,]write.csv(t(mat),file="./counts.csv") 2.conda安装 conda create-n pyscenic python=3.7#注意自己的python版本conda activate pyscenic conda install-y numpy conda install-y-c anaconda cytoolz conda install-y scanpy pip install...
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes 使用conda安装pyscenic的一些依赖 极端情况下,建议每个软件都可以独立给一个环境,虽然是这样会导致很多冗余的软件,不过,确实很方便。
本来是想测试一下,使用pyscenic做转录因子分析,然后记录笔记给大家!所以就有了昨天的:使用pyscenic做转录因子分析,但实际上我在里面埋下了一个伏笔,就是使用conda安装的这个pyscenic,它依赖于一系列的python模块,就会在这里报错!比如我遇到的就是其中一个python模块pandas的报错: ...
conda config --set show_channel_urls yes 然后就是安装pySCENIC及环境设置: #安装pyscenic,并创建分析环境 conda create -n pyscenic python=3.9#创建一个pyscenic 的python环境,pyscenic要求python版本3.6及以上,目前python出到3.9了,我用3.9 conda activate pyscenic #激活pyscenic 环境 ...
本来是想测试一下,使用pyscenic做转录因子分析,然后记录笔记给大家!所以就有了昨天的:使用pyscenic做转录因子分析,但实际上我在里面埋下了一个伏笔,就是使用conda安装的这个pyscenic,它依赖于一系列的python模块,就会在这里报错!比如我遇到的就是其中一个python模块pandas的报错: ...
使用conda安装pyscenic的一些依赖 极端情况下,建议每个软件都可以独立给一个环境,虽然是这样会导致很多冗余的软件,不过,确实很方便。 代码语言:javascript 复制 # 需要一些依赖,尤其是这个python 版本 conda create-n pyscenic python=3.7conda activate pyscenic ...
一、软件安装 老样子,还是先说一下安装和分析文件的准备,前面环境的配置和之前cellphonedb一样,如果已经操作过的,可以跳过: #安装下载及环境设置# 安装一个conda,为什么安装他可以理解为Rstuido之于R,后期在环境设置、软件安装上很方便。wget https://repo./miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh# bash安装...