pip install pyscenic conda install numpy conda install pandas GRN分析—终端/linux (不在R studio了哈!!) step1-基因调控网络的构建 输入:表达矩阵input_new.loom文件,转录因子文件 请注意需要把分析文件和工作路径均调整到同一个文件夹中,当然熟练之后也可以自己设定路径啥的。 # pyscenic grn方式 pyscenic grn...
如下所示,可以看到我们前面的笔记:pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化,提到的 pbmc3k数据集里面的b细胞有两个非常出名的转录因子,TCF4(+) 以及NR2C1(+),确实是在b细胞里面名列前茅哦: 挑选各个单细胞亚群特异性的转录因子 大家可以把每个单细胞亚群各自的独特激活的转录因子按照我们前面的笔记:pyscenic的转...
2、PySCENIC(二):pyscenic单细胞转录组转录因子分析 3、PySCENIC(三):pyscenic单细胞转录因子分析可视化 4、PySCENIC(四):pyscenic结果之差异转录因子分析及其他可视化首先说一句,我们之前也发过R语言版本的SCENIC,但是后来我们感觉容易出错,而且费时,所以就没有再探究过。可是总是有小伙伴喜欢跑R,然后说这里错了,那里...
pyscenicaucell--seed21 \--num_workers10--outputfibo_aucell.csvfibo_count.loomfibo_ctx.gmt 到此,pyscenic流程就结束了,后面的工作就是基于regulon活性矩阵探索数据了。当然,也可以将活性矩阵二值化,这样每个regulon在细胞中只有on和off两种状态,可以使用R包AUCell来完成。 library(AUCell) library(reshape...
首先是python3.12.3使用pyscenic grn会报错TypeError: Must supply at least one delayed object。 目前我在github上看到能够利用pip install dask-expr==0.5.3 distributed==2024.2.1解决的python版本最新的是python3.11,所以python3.12及以上可以试一下降python的版本。
3、PySCENIC(三):pyscenic单细胞转录因子分析可视化 4、PySCENIC(四):pyscenic结果之差异转录因子分析及其他可视化首先说一句,我们之前也发过R语言版本的SCENIC,但是后来我们感觉容易出错,而且费时,所以就没有再探究过。可是总是有小伙伴喜欢跑R,然后说这里错了,那里找不见,其实我们的帖子写于2022年,但是数据库已经更...
pyscenic做为scenic的python版本,相比R版本实现了分析速度上的巨大提升,尤其是最耗时的共表达网络构建步骤。实测时间如下,数据集1 (4257 cell x 36601 gene),10 cores :grn 网络构建2小时;ctx 网络纯化16分钟;aucell 细胞活性1分钟。另外,数据集2 (45000 cell x 33469 gene),三个步骤的耗时分别为4小时、20分钟...
单细胞转录组实战06: pySCENIC转录因子分析(原理) 背景 转录因子(transcriptionfactor, TF)是直接作用于转录组上,调控DNA转录的蛋白质。它通过与DNA特定区域结合(TFBS/motif),促进(activator)或阻止(repressor)DNA的转录过程,了解转录因子对于解析细胞的功能及生命活动有重要作用...
安装pySCENIC可以按照以下步骤进行,确保Python环境已安装并配置好: 创建新的Conda环境(可选,但推荐以避免库冲突): bash conda create -n pyscenic python=3.7 conda activate pyscenic 这里我们创建了一个名为pyscenic的Conda环境,并指定Python版本为3.7。请根据你的系统环境选择合适的Python版本。 安装依赖包: bash...
pyscenic安装过程--未完结 ###conda install pyscenic conda create -n pyscenic python=3.7 conda activate pyscenic condainstall-y numpy condainstall-y conda-forge::cytoolz#-y表示自动确认,-c选择channel condainstall-y conda-forge::scanpy pipinstallpyscenic...